有些同學可能第一次做對接，由於蛋白或者的受體不同，中途可能會產生一些錯誤，導致後面無法進行，一直停留在原地，這裡，我簡單介紹一下，可能的出現的錯誤，但不一定覆蓋到你所遇到的問題。
首先就是準備受體的時候，加氫的問題，其實在前文已經有過介紹，
在選擇一個分子作為配體或受體之前，必須把所有的氫都加到這個分子上，而且是全氫。如果你操作是用我選擇的蛋白或者受體，前面可能你沒有發現一個問題，那就小分子配體，我們下載的sdf檔案和mol2檔案，其中的sdf檔案
在PubChem資料庫下載的，在3D Conformer處左側有一些選項勾選，比如是否顯示氫鍵，我當時是勾選的。
如果我們的小分子已經帶氫，再加氫是沒有什麼變化的。
當然，這一步沒有什麼影響。
還有就是我們是否計算Gasteiger電荷，這在前面也有所提到，對於小分子配體，我們是不自己去計算的，除非出錯，這在前面有解釋，但
對於蛋白配體呢？？是否也需要計算
Gasteiger電荷？？
這裡是不需要的，我們在去水加氫後選為受體，軟體是自動新增，所以，對於蛋白質來說，無論是否報錯，均不能計算Gasteiger電荷這一步操作，這會改變真正的對接結果。
但是對於蛋白受體來說，一般不會出錯的，要出錯的情況最可能的原因就是你蛋白受體含有特殊原子，而這些離子在AutoDockTools的離子引數配置檔案中沒有，所以會報錯，這種怎麼解決？？
我們首先先看一下原子引數的配置檔案，如果你安裝軟體的時候沒有改變安裝路徑的話，應該在 這個路徑下。
AD4_parameters。dat這個檔案就是原子引數配置檔案，不懂的話先不要更改它，你複製一份出來，用文字軟體開啟，你會找到如下的內容。這些就是已有的離子引數，你看一下里面有沒有你的金屬離子，沒有的話報錯的原因就是這個。
如 3PAU這個蛋白，含有銅離子，而銅離子在我們預設的引數裡面是沒有的。
我們下載這個蛋白用ADT開啟。去水加氫。
我們接著講蛋白設定為受體，準備輸出為pdbqt檔案時，認真的會發現，和前面有所不同，會提示一些原子有0個電荷，這種提示在前面是沒有出現的。
我們按照前面的操作流程，匯入受體分子pdbqt檔案時，還是會有類似的提示。
我們繼續用前面的配體往下對接。再輸出gpf檔案的時候，然後執行Auto Grid後，沒有產生相應的map檔案，而且會執行不會結束，反正我等了好久，就是不會結束。
那麼我們這麼解決呢？
首先，我們可以檢視官方文件
http：//autodock。scripps。edu/faqs-help/faq/how-do-i-add-new-atom-types-to-autodock-4
還有就是Google，你可以在
https：//www。researchgate。net/搜尋你可能遇到的問題。類似的問題有很多人會遇到的。下面就有一些類似的問題。
https：//www。researchgate。net/post/How-to-add-Cobalt-atomic-parameter-in-autodock-42
在上面的這個問題中，有一個回答，
將需要的引數複製到AD4_parameter。dat檔案中。（將值對齊到正確的行）
然後你需要把修改過的bat檔案放到autodock和autogrid exe檔案所在的資料夾中。
然後我們再透過修改。gpf和。dpf檔案。再執行。
具體怎麼操作，首先，複製AD4_parameter。dat這個檔案到工作目錄（F：\AutoDock），最好不要在原來的檔案下面更改。
將上面的原子引數複製到AD4_parameter。dat檔案中相應的位置。就是下圖中紅框的區域。然後儲存。
我們再生產gpf檔案後，先不要往下執行，我們用文字軟體開啟gpf檔案。
我們在第一行回車後新增一行：。其實就是指定引數檔案
然後我們在執行Auto Grid，接著一直往下，生成dpf檔案後，同樣用文字軟體開啟dpf檔案，在首行同樣新增，儲存後再往下執行AutoDock。
這樣就不會出錯了。
當然，實在不想修改檔案，麻煩，你可以選擇把修改後的檔案替換換來的檔案，就不需要每次都修改這些檔案資訊啦。
上面這種處理方式，適合你能找到原子引數的情況下，假設你找不到你要的原子引數，上面這種方法就不可行。但這些原子幾乎都夠你用啦，放心吧。
還有一種方法是給金屬離子新增形式電荷，我個人覺得有上面方法，就不需要這種，感覺人為新增，加幾個？感覺不靠譜，但做法就是開啟一開始準備的pdbqt檔案。找你離子，你會發現電荷是0，這也是為什麼一開始處理會提示電荷為0的原因，這裡你可以更改，就是人為的改變。後面就不會出錯啦。
好了，關於一下常見問題就介紹到這裡，如果你還有錯誤，那麼官方文件是最好的解決辦法。
這裡會有各種問題的解決方法。
如果對接是你科研的主要內容，那麼你需要掌握的不止這些
。
參考：
https：//www。researchgate。net/post/How-to-add-Cobalt-atomic-parameter-in-autodock-42
