莫扎特充滿了活力，忙著三件接連而來的工作：1791年5月，專門在鄉下劇院演唱日耳曼歌劇的席卡內德，提供莫扎特寫作有關一支魔笛歌劇的大概計劃，並要他的兄弟會的弟兄們供給音樂，莫扎特同意了！當時康斯坦策再度懷孕，6月到巴登去了。因此，他接受席卡內德的邀請，住到劇院附近的花園旅社。在那裡，他可在經理的督促下寫作《魔笛》，晚上他又可加入席卡內德，過鎮上的夜晚活動。“事及放蕩，”約翰告訴我們道，“在此情形下不可避免地伴隨來到，而且這些事立刻傳到人們耳裡去，而大量的壞名聲掩蓋了他應得的聲譽達數月之久。”從這些玩樂中，莫扎特也撥出時間到巴登（離維也納11英里）看望他的妻子，她在7月26日生下了沃爾夫岡·莫扎特二世。

同時，在那個月中，一位陌生人來訪，願出10杜卡特要求莫扎特為他寫作一首《安魂曲》，但需要秘密地完成，不要讓公眾知道是他的創作。於是莫扎特從寫作快樂的《魔笛》，轉而寫作以死亡為主題的《安魂曲》。8月，他自布拉格方面接受制作一出歌劇《狄託的仁慈》，要在即將來臨的利奧波德二世加冕為波西米亞國王的典禮上演奏。他只好用僅存的一個月的時間改編梅塔斯塔西奧的老歌劇，他在同妻子前往布拉格的途中，在震盪的馬車上和嘈雜的旅店中不停地工作。歌劇在9月6日上演時，未得到太大的讚賞。莫扎特離開這個曾對他友好的城市時，知道國王目睹他的失敗，不禁熱淚盈眶。他僅有的安慰是得到200杜卡特的報酬，及後來的消此劇於9月30日在布拉格再次上演而得到完全的成功。

《魔笛》首演那天，莫扎特一邊彈鋼琴一邊指揮演出。此劇情節的題材部分取自神仙傳說，部分則取自兄弟會會員們入會的儀式。莫扎特花了巨大的心血從事這項藝術創作，但他仍把大部分的歌曲寫得儘可能的通俗，以適合普通程度的聽眾。他在《夜之皇后》一幕中，盡情地炫耀花腔女高音，私下卻不喜歡花腔女高音，而笑她們有如“切斷的麵條”。第二幕一開始的《祭司行進》擷自兄弟會音樂，祭司們高唱“在這些神聖的殿堂，我們永不懷報復之心，同志們！互助互愛是加入本會必須的條件”一這首表現出兄弟會的號召要求恢復過去基督傳道的“四海之內皆兄弟”的精神。（歌德把《魔笛》比作《浮士德》第二部，它也是倡導互助互愛精神。而他本人也是兄弟會員，讚揚劇中含有“崇高的意義將永傳於世”。

第一次演出沒有得到太大的成功，評論家們被複雜的賦格曲與曲折離奇的情節驚駭，然而不久《魔笛》變成瓦格納和威爾第之前最受歡迎的歌劇。這次最後的成功到來時，莫扎特正深受著死亡的威脅，好像要強調這個諷刺似的，一群匈牙利貴族願意供給他1000弗羅林金幣的年薪。一位阿姆斯特丹的出版商願出更高的金額購買獨家出版他作品的權利。9月，莫扎特接到龐特的來信，邀請他到倫敦。他回信道：“我很願意接受您的好意但我如何做得到呢？情況告訴我，死期已經逼近，我將離開這個世界了。在發揮我的天才之前，竟不得不提早結束曾經一度光輝美麗的生命！”

在最後數月中，他把殘餘的精力用在寫作《安魂曲》上，有好幾個星期他一直狂熱地工作，他太太試圖把他的注意力轉移到比較不傷感的題目上時，他告訴她：“我是為我自己寫這首安魂曲的，它將在我的葬禮上演奏！”他已寫了各個片斷部分而這些片斷部分都未經校對地儲存下來顯示他在面對死亡前頭腦混亂的情形。後來弗朗茨·卡弗·蘇施梅爾以驚人的天才把此未完成的《安魂曲》寫好了！11月，莫扎特的手和腳腫大的部分已開始麻痺，他必須躺在床上。在《魔笛》演出那晚，他把表放在旁邊，並幻想著每一幕的進行，有時哼著劇中的曲子。

最後一天，他要求取來他的《安魂曲》總譜，他唱女音部，沙克夫人唱女高音部，弗朗茨·卡弗唱男高音，蓋爾主唱男低音，當他們唱至“Lacrimosa”時，莫扎特不禁潸然淚下。他預知當晚將死，教士們前來為他舉行臨終的儀式。黃昏時分，莫扎特失去了知覺；半夜後，他短暫地張開雙眼，然後面向牆壁，從此脫離苦海（1791年12月5日）。他的妻子和友人，都不能為他舉行得體的葬禮，遺體供在聖史蒂芬教堂（12月6日），供人祝福，然後葬在聖馬克教堂的墓地。因為他們未曾購買墓地，因此，他的遺體只能放在一般用來埋葬15至20個窮人的地下室墓穴中。沒有用以標示墓址的十字架或碑石。數天後，那位寡婦去祈禱時，已經沒有人能指出哪裡是莫扎特埋骨的所在了！