魚類肌肉的活動是在與骨骼、筋腱、韌帶和神經組織的配合下進行的。肌肉可分為三部分，即頭部肌肉、軀部肌肉和附肢肌肉。頭部肌肉分三部分；①側面深淺肌包括眶前肌、下頜收機、瞬膜提肌、上眼瞼縮肌、噴水孔括約肌、縮咽淺肌、斜方肌、顱頜提肌、舌頜提肌、眼肌六條（上、下斜肌，上、下直肌，前（內）、後（外）直）等；②腹面深淺肌包括頜間肌、喙頜肌、喙舌肌、舌間肌和喙鰓肌；③鰓弓肌肉，從背面至腹面為：背弧間肌、側弧間肌、鰓弓連肌、鰓弓收肌、顱咽鰓收肌和鰓間隔肌。

軀幹肌肉又名軀肌，指頭部之後除各鰭基部肌肉外的所有肌肉。大而重要的是大側肌（lateralis）。軀部肌肉外觀均呈“S”形，按節排列，近側線處的結締組織形成水平隔膜，即水平骨質隔膜，彼此把肌肉分成背腹兩部，背部的稱軸上肌，腹部的稱軸下肌。若橫剖軀幹部，肌肉可分左右兩部分，背部的隔膜稱背中隔，軸上肌同心圓狀，軸下肌呈片狀。橫剖尾部，尾部腹面中央的縱隔稱腹中隔，軸上肌和軸下肌都呈同心圓狀。

鰭部肌肉可分三部分：①奇鰭肌肉包括背鰭、臀鰭及尾鰭傾肌。②偶鰭肌肉包括胸鰭內提肌、內收肌、外提肌和胸鰭降肌及腹鰭內提肌、腹縮外提肌和腹鰭降肌。③鰭腳肌肉包括縮腳張肌、鰭腳收肌、鰭腳內收肌、鰭腳內屈肌、鰭腳外屈肌、鰭腳下掣肌和唧囊。唧囊是一對扁平長條形的薄壁肌肉囊，後端以短管開口於鰭腳的精溝基部。消化管是一條肌肉管，在此吸收消化食物。包括口咽腔、食管、胃、腸等部分。

口咽腔（oropharyngeal cavity）：魚類口腔及咽無明顯界限，故稱口咽腔，內有齒、舌、鰓裂等構造。軟骨魚類的牙和硬骨魚類的不同在於不直接附於頜骨上，齒包在結締組織中，附在上、下頜骨上，是特化了的盾鱗。舌不能活動，僅為基舌軟骨的突出，外覆黏膜構成。軟骨魚類的味蕾只存在於口咽腔背腹壁和口須上，體表無味覺功能。噴水孔（spiracle）位於口腔後方背壁的兩側，第一內鰓裂的前方，呈半月形開孔。口腔左右壁有5對內能袋（internal gill cleft）。

食管（oesophagus）：食管為咽部後方短而窄的管道，內壁黏膜多呈縱褶狀，後方以括約肌為界與胃相隔。胃（stomach）：胃位於食管後方，V形，前以賁門胃（cardiac region of stomach）與食管相接，胃體後方彎曲向上稱為幽門胃（pyloric region of stomach）。胃各部有胃腺，可分泌胃液，胃液含有胃酸和酶、胃蛋白酶等。幽門末端有中央開孔的幽門瓣（pyloric valve）通向十二指腸（duodenum）。

腸（intestine）：腸從幽門瓣開始的後方為腸管。開始處細小弧形管段為十二指腸，被胰臟所覆蓋。輸膽管開口於十二指腸背壁。十二指腸後部較粗部分為瓣腸（valvular intestine）也稱迴腸（ilcum），其外觀有許多橫行環，數目與腸內螺旋瓣（spiral valve）一致，共有9個。其具有許多線狀皺褶的絨毛狀突起，以增加腸的吸收面積。螺旋瓣相互套疊，順時針方向延續向後，後端忽而變窄的部分為結腸（colon），結腸內壁無絨毛狀突起。結腸後方接直腸（rectum），末端開口於洩殖腔前腹面。

直腸腺（rectal gland）：直腸腺位於結腸和直腸之間背方突出的一個長圓柱形體，有一短管開口於結腸末端。直腸腺能分泌出高濃度的氯化鈉，與滲透壓調節有關。海產軟骨魚類血液中含2%~2。5%尿素；其他脊椎動物只有0，01%~0。03%。當血液中的尿素濃度高時，對海水是高滲液，則海水從口咽腔黏膜和她進入較多，海水中過多的鹽分由鰓和直腸腺排出。鯊鰩死後不能久放，因組織中含有一種酶，能把尿素分解為氨，使肉有一種特別的味道。

洩殖腔（cloaca）：洩殖腔是通體外的腔，消化管直腸末端的開口位於腔的前腹壁。兩性泌尿系統的輸尿管和雄性輸精管開孔於洩殖腔泌尿乳頭的背壁，精液和尿液經乳頭末端的孔排出，經洩殖腔孔排出體外。