建文帝名叫朱允炆，他的父親朱標是明太祖朱元瑜的長子，曾被立為太子，但是英年早逝，於是他就被爺爺立為皇太孫，後來成為明朝的第二個皇帝。1392年，朱允炆被立為皇太孫，1398年即位，第二年改年號為建文。建文帝即位以後，在政事上主要倚仗齊泰、黃子澄、方孝孺三人，他一改明太祖時期的統治方法，大力提倡寬政。不久，建文帝啟用黃子澄等人提出的削藩計劃，意圖加強中央集權。結果，明太祖第四子燕王朱棣以“清君側”為名，發動了靖難之役。

1402年，燕王朱棣攻陷南京，建文帝下落不明。明朝建國以後，以南京為都城，遠離塞北。北方的蒙元殘餘勢力因此常常南下騷擾，為了穩定明朝的政權，明太祖大肆分封藩王，鎮守邊塞。明太祖在位時期，這些灌王在抵禦外敵入侵方面確實起到了至關重要的作用。隨著各個藩國勢力的增加，藩王擁兵白重逐漸形成了尾大不掉的局勢。建文帝即位以後，面對這種形勢，開始進行削藩。

在眾多藩王中，燕王朱棣的勢力最強大。為了孤立燕王，建文帝先後廢除了岷王、湘王、代王等五位藩王。朱棣看到建文帝削藩的決心，加緊準備。而建文帝對削藩的艱鉅性識不夠，錯過了準備的時機。這樣，在建文帝剷除其他藩王勢力後，燕王朱棣開始了推翻建文帝的活動。

1399年6月，朝廷覺察了燕王的謀反活動，密令張昺、謝貴、張信設計捉拿朱棣。沒想翻建文帝的活動到張信暗中向燕王告密。8月，燕王設下“鴻門宴”，殺掉了張昺和謝貴。北平城官軍成了無頭的蒼蠅，燕王乘亂攻下九門，控制了全城。。

為了師出有名，燕王援引《皇明祖訓》以“清君側”為由起兵叛亂，因其自稱“靖難”，即平定朝廷的禍難，史稱此事為“靖難之役”。朱棣稱黃子澄、齊泰為奸臣，把自己的部隊稱為“靖難軍”。

朱棣帶領快攻進京城，建文帝下落不明。在群臣們的擁下，燕王志得意滿地登上了了帝位。他廢除了建文年號，恢復了明太祖洪武的年號，自己即位後又改年號為永樂，表明自己是直接繼承了明太祖的帝位，並把這整個事件稱之為“建文遜國”，意思是建文帝“自願”把皇位讓給自己。

按照當時官方的說法，建文帝在南京被攻破後於宮中自焚而死。然而朱棣即位後卻多次派人四處搜尋建文帝，關於建文帝的傳聞也是層出不窮，因此建文帝究竟是怎麼死的，一直到現在人們都還沒搞清楚，這個問題也就成了一個歷史謎案。

有一部分人贊同“自焚說”，這種說法是據史書上的記載推測而來的。因為永樂年修撰的《太祖實錄》中記載，燕王朱棣發動了“靖難之役”，想奪取皇位，在打了四年仗之後，他擊敗了那些擁護建文帝的軍隊，終於大獲全勝。1402年6月13日，朱棣率領得勝的軍隊透過金川門而進入明朝都城南京。當時他想逼建文帝退位，可是等他到了宮中的時候，那裡早已是一片火海，建文帝朱允炆也不知去向了，而且一併消失的還有他的玉璽。

在《太宗實錄》中有這樣的記載，當時燕王朱棣看到宮中火光沖天，就馬上派入到裡面救火，最後在皇帝的寢宮中發現了一具燒焦了的屍體，他哭著說，我來到這裡是想好好地輔佐你，沒想到你竟然聽信奸臣的話自焚而死了，於是厚葬了建文帝。但是，那具屍體已經被燒得無法辨認，當太監們在火後的餘燼中進行了多次搜尋之後，所找到的能夠辨認的屍體只有皇后與太子的，而最重要的建文帝的屍體卻怎麼也找不到，但燕王朱棣卻仍然下詔說皇帝已經死了。

由於太子也死了，因此人們擁戴燕王來繼承大統，於是朱棣就當上了皇帝，還為建文帝寫了祭文。至於建文帝的墳墓在什麼地方，卻沒有人知道。所以後人就不得不進行各種猜測，同時也將這些想法與明成祖後來的一些行為聯絡起來。

比如說有人認為在南京被攻破之時，建文帝並沒有死，他的確是想自殺，但有人勸他削髮為僧，於是就從地道逃出了皇宮，從此隱姓埋名，浪跡江湖。而朱棣當上了皇帝之後，感到不知去向的朱允炆對他始終是一個心頭大患，所以派心腹大臣到處查詢建文帝的下落。

還有一種觀點認為，鄭和在永樂年間多次下西洋，其目的正是為了尋找朱允炆的下落。而且明成祖還向全國的寺院頒佈《僧道度牒疏》，大概的意思是重新對僧道人數進行登記在冊，透過徹底的清查搜尋朱允炆。

相應地在民間也流傳著許多關於建文帝的故事，有許多關於他藏匿之處的傳說。《明史》記載，明英宗正統年間，有一個年逾90歲的僧人從雲南到廣西去，自稱建文帝。當地官員經過調查得知，這個老和尚是個冒牌貨，隨後下獄處死，同謀的僧人12人都被流放到遼東。後來在雲南、貴州、四川等地，都有建文帝削髮為僧的傳聞。

有人說他先是逃到了雲貴一帶，後來又輾轉到了南洋一帶。就是現在，在雲南大理也還有人以朱允炆為祖先。還有一些人認為當年建文帝逃走後，曾經藏身於江蘇吳縣黿山普濟寺內，後來又逃到了穹窿山皇駕庵，最後於1423年在這裡病死了，於是就埋在皇駕庵後面的小山坡上。