歷史上的吳應熊，憑藉著吳三桂的戰功與地位，在清朝的朝堂上也具有一定的威望。
清順治元年（1644年），李自成的大順農民軍從陝西西安出發，一路勢如破竹，不到三個月的時間就殺到了北京城下。隨後，北京城破，崇禎皇帝自縊，正統明朝就此滅亡。
其實，北京城的迅速失陷與吳三桂有著非常密切的關係。北京城陷落前，吳三桂是崇禎皇帝最後能夠信賴的底牌和防禦力量，他封吳三桂為平西伯，命吳三桂放棄關外全部的城池和據點，快速回防北京。而吳三桂卻是緩走慢行，從寧遠到山海關120公里的路程，吳三桂足足走了14天，可以說是坐視北京城被李自成攻陷。
而在明朝滅亡後，吳三桂也準備選擇投降李自成，只是在得知李自成的部將劉宗敏將吳三桂全家囚禁，並對吳三桂的父親吳襄進行了殘酷的“拷掠”，同時還霸佔了吳三桂的愛妾陳圓圓後，吳三桂重新帶兵奪回了山海關，徹底與李自成反目。
在這之後就是決定中國歷史命運走向的“山海關大戰”，李自成的大順農民軍和吳三桂的關寧鐵騎戰在一處，並且李自成逐漸佔據了主動。
而在此之前，吳三桂曾多次以“借兵”的名義向清朝求援，皆遭到了多爾袞的拒絕。最終吳三桂在陣前剃髮，引清兵入關，李自成的大順農民軍也是完全不敵清朝的八旗鐵騎，最終兵敗如山倒。而在“山海關之戰”戰敗後，李自成回到北京草草登基便開始的一路潰敗，最終於順治二年（1645年），被打死在了湖北九宮山，大順農民軍政權也就此滅亡。
然而，李自成的滅亡並沒有意味著吳三桂可以就此停歇，而他面對的下一個對手便是自己曾經的救主——南明政權。
在此期間，吳三桂表現的極為突出，在於南明永曆政權的戰鬥中可以說是節節勝利，特別是在洪承疇卸任“五省經略”後，吳三桂成為征討永曆政權的實際指揮人。而他也沒有讓清朝朝廷失望，順治十六年（1659年）吳三桂率兵殺入緬甸，迫使緬甸國王交出永曆皇帝朱由榔，隨後在順治十八年（1661年），在雲南昆明的篦子坡將朱由榔等人皆盡處死，明朝的皇室血脈也就此斷絕。
康熙元年（1662年），憑藉著手刃永曆皇帝的功勳，吳三桂被封為了親王爵位，縱觀整個清朝歷史，“異姓王”能夠到親王級別的只有兩位，除了吳三桂，就只剩下了早在“吳橋兵變”時就投降而來的尚可喜了。
而在獲封“平西親王”同時，吳三桂還被允許在雲南開藩設府，世守雲貴，可以說此時的吳三桂權勢和地位已然到達了頂峰。
當然，他的兒子吳應熊在朝中也是響噹噹的存在。
早在順治十年（1653年），在孝莊太后的主持下，吳三桂之子吳應熊與年僅13歲的皇太極第十四女和碩恪純長公主成婚，這便是人們口中常稱的“建寧公主”。
當然，讓吳應熊迎娶建寧公主，除了是為了褒獎和拉攏吳三桂之外，更是對於吳三桂的防範，畢竟讓吳應熊迎娶公主可以讓其名正言順的留在北京充當人質，進而可以牽制和控制吳三桂，這才是讓吳應熊與建寧公主完婚的最重要的目的。
順治十一年（1654年），吳應熊被授予三等子爵，順治十四年（1657年）加少保兼太子太保銜。康熙皇帝即位後，繼續對其進行封賞，並在康熙七年（1668年），封其為少傅兼太子太傅。而吳應熊與建寧公主兩人也是感情很深，關係非常的和睦。
可以說，如果吳三桂沒有造反，即便是吳三桂日後被康熙皇帝撤藩，他本人以及他的兒子吳應熊，憑藉其功勳以及與皇室的關係，至少可以繼續維持兩代人的繁榮，然而這一切，都隨著吳三桂的叛亂而結束了。
“三藩之亂”爆發，吳應熊被康熙處死。
康熙十二年（1673年），鎮守廣東的平南王尚可喜疏請歸老遼東，康熙皇帝乘勢作出了撤藩的決定。隨後鎮守福建的靖南王耿精忠以及鎮守雲貴的平西王吳三桂也上疏請求撤藩，康熙也都予以批准。
康熙皇帝的這一舉動可以說極大的激化了朝廷與“三藩”之間的矛盾，“三藩之亂”也成為了不可避免的趨勢。
就在吳三桂正式起事之前，他曾派密使，喬裝混入北京面見吳應熊，將準備造反的訊息告知，並且讓其跟隨南下。然而此時的吳應熊並不贊同吳三桂叛亂的想法，但是對於吳三桂的決定也表示了無可奈何，同時表示他自己不會離開北京，最終密使只是將吳應熊的長子吳世璠帶回了雲南。
看到自己大孫子平安回來，也算是讓吳三桂徹底拜託了後顧之憂，於是在康熙十二年（1673年）十一月，吳三桂誅殺雲南巡撫朱國治，釋出討伐滿清檄文，開始起兵造反，“三藩之亂”就此爆發。
而此時的京城，憤怒的康熙皇帝下令將吳應熊本人及其與建寧公主所生的次子吳世琳等人逮捕，並且在康熙十三年（1674年）將其絞殺。
吳應熊存在的最大的價值就是牽制和脅迫吳三桂，如今吳三桂已經謀反，其已然是價值全無，為了避免其與吳三桂內外勾結，在京城在其禍端，殺掉吳應熊也就成為了必然。與此同時的康熙皇帝面對吳三桂的叛亂必然是震怒異常，逮捕並殺掉吳三桂的兒子也是情理之中，更何況，康熙還需要藉助吳應熊的死來提振前往將士計程車氣，同時對吳三桂進行打擊，所以康熙必須要殺掉吳三桂。
只是可憐了建寧公主，33歲開始守寡，丈夫被殺，兩個兒子先後也死於非命，只能獨自渡過三十年孤苦伶仃的生活，直至康熙四十三年（1704年）去世，終年63歲。
至於孝莊太后有沒有勸諫康熙不要殺吳應熊，需要打一個大大問號了。
關於孝莊太后勸諫康熙不要殺吳應熊，在許多得影視作品中都出現了這樣的橋段，實際上，孝莊如此做也有她的理由。
一方面，吳應熊是康熙的姑父，有著一定的親緣關係，另一方面，吳應熊與建寧公主的婚事又是她來主持的，她也需要為建寧公主的後半生的幸福著想。
然而，這樣的想法很大程度上都是一廂情願的，真實的歷史上，孝莊很難有勸諫康熙放過吳應熊的行為。
首先，清朝有“後宮不能幹政”的祖制和傳統，而當初多爾袞設立這一制度的初衷就是為了限制孝莊太后的，所以即便是孝莊有著對於吳應熊和建寧公主的同情之心，也是不能主動表達的。
其次，殺掉吳應熊，是符合國家政治利益需要的，前文中也說到了，除了維繫京城的安穩，就是要對吳三桂進行打擊，在國家整體利益面前，孝莊太后也不可能繼續幫吳應熊說話的，甚至是會支援康熙殺掉吳應熊。
再次，此前順治皇帝在多爾袞去世後，對多爾袞進行了極為殘酷的清算，甚至將其扒墳掘墓、挫骨揚灰，對此孝莊太后都選擇了默不作聲，同樣的，面對吳應熊的問題，她則是會更加的選擇沉默。
所以，歷史上的孝莊太后參與的可能性基本沒有，也不可能為吳應熊說話，而她能做的，只是以“母親”的身份，更加關愛、關心建寧公主，使之能夠平穩的度過餘生了。
