1402年6月，朱棣在南京奉天殿即皇帝位，取得天下後，朱棣面臨最大的問題就是登基的合法性，1402年他把方孝孺等建文的舊臣召集朝堂之上，打算讓大名儒方孝孺起草登基詔書，結果方孝孺到了朝堂上大哭大悲響徹整個皇宮。

朱棣看到方孝孺悲痛便上前安慰到：“先生不要自取憂苦，我的目的只是清除皇帝身邊的佞臣，然後仿效周公輔佐成王。”方孝孺質問道：“成王在哪裡。”朱棣說：“他自焚而死。”方孝孺又問：“為何不立成王的兒子。”朱棣說：“國家需要有成年的君王。”方孝孺進一步逼問到：“為何不立成王的弟弟？”朱棣答道：“這是我們朱家的事。”

方孝孺

此時怒火中燒的朱棣揮起大手示意太監把紙和筆給方孝孺，結果方孝孺竟然把筆和紙摔在朝堂上，這一下徹底把朱棣激怒了，像是一頭髮怒的獅子，大聲吼道你不怕誅九族嗎，結果方孝孺怒懟到，十族又如何，最終方孝孺被誅十族。那麼方孝孺被誅十族後，他還有後人嗎？

誅殺十族，連坐837人

方孝孺的剛正和注重氣節的性格在當時上層社會是出了名的，他十分地痛恨朱棣謀逆篡位的行為以及鄙視當時那些牆頭草似的大臣沒有骨氣。其實朱棣要他草詔登基詔書，其實就是看中他是建文帝的重臣，又是讀書人的領袖，如果登基詔書出自方孝孺的手，那朱棣的登基合法性將大大提高，不曾想，方孝孺卻大大超出了朱棣的預料，於是便有了歷史上唯一一次誅十族。

方孝孺

1402年7月25日，朱棣下達聖旨，將方孝孺及其親屬朋友門生故吏等837人斬首於南京聚寶門外，當時南京城內，狂風不止，百姓無不悲痛哭泣，當天方孝孺的妻子鄭氏及兩個兒子方中憲、方中愈事先在家中自縊身亡。

當時老百姓眼睜睜地看看方孝孺的兩個未成年的女兒哭泣著跳進秦淮河溺亡而什麼也做不了，另外他的哥哥方孝聞因早年去世，但是方孝聞的兒子也因為方孝孺嘴硬也被問斬，最後，方孝孺和弟弟方孝友一起被車裂而死，死後連個收屍的都沒有，最後，德慶侯廖永忠的孫子廖鏞與其弟廖銘趁黑夜收拾他的遺骨，匆匆將其掩埋在聚寶門外的山上。

方孝孺

誅十族後，平反昭雪，嫡系後人恢復方姓

朱棣死後，他的兒子朱高熾登基為帝僅僅七個月後，親自為方孝孺平反：“方孝孺輩皆忠臣，詔從寬典。他非常同情方孝孺等人，並且說到：“建文朝眾臣，已遭處決示眾”。並命禮部把他們的家屬釋放為平民，發還他們的田地。在外戍邊親屬，只留下一人於戍守之處，其餘釋放還鄉。

方孝孺書法

據《熹宗實錄》記載方孝孺的小兒子因監斬官非常不忍年幼的小孩被斬，就偷偷將其送走，並改姓餘。1608年，南京御史楊廷筠在認定方孝孺嫡系餘德宗一支，上奏朝廷允許其後裔複姓方。

1622年方孝孺十世孫方忠奕進京上書明熹宗朱由校，請求為方孝孺平反昭雪。明熹宗聽到方孝孺的事蹟後非常感動，於是下旨給方孝孺一脈平反昭雪，至此，隱居浙江等地，方孝孺後人終於得到皇帝的認可，可以參加科舉考試，可以做官。

方孝孺墓由於遭到太平天國的戰火等多次破壞，已經破敗不堪，李鴻章感念其忠貞，在任兩江總督時重新修了方孝孺陵墓，民國時期，經日本侵華戰爭，其墓屢屢遭到破壞，時隔600年的後的2002年，方孝孺嫡系後人捐款捐物重新修繕了其陵墓。