俄羅斯在明朝萬曆年間曾經派遣佩特林使團來華，但因沒有攜帶貢禮而未得到覲見皇帝的機會，所以那還不能算是兩國間的正式交往。中俄兩國政府間的正式交往開端於清朝初年的巴依科夫使團訪華。
促成這次訪華的是1652年夏訪問莫斯科的蒙古使者舒庫奇涅伊，他對俄國政府講述了他們與中國的貿易情況，中國贈送給他們的絲綢等禮物也引起了沙皇的興趣。舒庫奇涅伊還表示，蒙古卡爾梅克公國的恭賈公爵夫人願意在沿途為俄國使團訪華提供支援和便利，俄國商人可以自由通行其領地，他說：“如果貴國國王派本國商人去中國，那麼恭賈公爵一定派人小心謹慎地護送他們到達中國邊境，將給他們配備嚮導，並贈與他們所需數量的飼料和車馬，這些都是商人們所必需的。另外，還會告訴他們如何從中國返回，並且護送他們到託博爾斯克。”
得到這些保證後，俄國政府決定派遣一位大使訪華，正式建立和發展兩國間的外交關係。
貴族費 伊 巴依科夫被任命為訪華大使，受俄國政府派遣，他與其隨行人員於1653年5月28日抵達託博爾斯克。他先在當地市場上展開貿易，並命人把採購來的中國絲綢、大黃等貨物送回莫斯科，同時他又派遣布哈拉商人賽特庫而 阿勃林和韃靼酋長彼得 雅雷什京率商隊先行前往中國。他們於1653年7月9日出發，1654年夏到達北京。在那裡，他們行了叩首禮，得到了皇帝接見，並在理藩院以沙皇的名義奉上了貢品。貢品價值120盧布，而中國皇帝回贈的禮品價值超過507盧布，他們還得到了中國皇帝的書信。
《清實錄》記載了此事：“先是，鄂羅斯國察罕汗於順治十二年遭使請安貢方物，不具表文。因其始行貢禮，資而遣之，並敕命每歲入貢。”
可見阿勃林商隊雖然帶了貢品，但沒有國書，所以他們不是正式使節，只是一個貿易代表團。
阿勃林商隊訪華時，巴依科夫使團正式出訪的籌備工作一直在進行中。俄國外交衙門於2月11日擬定了遞交清世祖順治皇帝的信，一式兩份：一份用俄文，另一份是按靼人寫信的方式用土耳其文書寫的。書信中簡要閘述了此次出使的目的：“博格達皇帝，由於貴中華帝國和我們沙皇陛下所領有的西伯利亞地區各邊境城市相毗連，我們願意與您的國家從此建立牢固的友誼，保持親善關係，這就如同我們和高尚的君主們處於牢固的友誼，愛和聯絡之中一樣，和土耳其蘇丹、波斯王以及其他周邊偉大的王國、我們的兄弟之邦一樣。我們現特派遺使節遠赴貴國，以便面見博格達皇帝，把我國具體情況介紹給您，並祝您安康。同時也討論我們兩個偉大的國家互利的好事從而使我們兩國穩定、安寧、親善、友好。”
同時俄國政府還給巴依科夫頒發了一條訓令，要求使團在訪華期間的行為必須嚴格按訓令要求執行，因為這有助於維護俄國的權威和聲譽。訓令要求：巴伊科夫必須將沙皇書信面呈中國皇帝；不得與官員首先談判。進入博格達汗宮廷時，不得向殿堂或門襤下跪；在覲見時，他決不可吻博格達汗的腳，如果有其他國家的使節在場，他不得接受入席邀請；如果回授的書信中沒有遵從沙皇稱號，則不許接受該書信。
出使準備工作進行了3個月，使團由100人組成，其中有一些是阿拉伯人，還有一些印度商人，他們是作為中亞貿易問題專家被吸收進去的。從使團構成人員可知，俄國在當時與世界各國有著廣泛的往來，許多外國人在俄國生活和工作，俄羅斯已經是一個國際化的大帝國了。
巴依科夫率領使團於1654年6月25日從託博爾斯克出發，由蒙古人做嚮導，一路艱苦跋涉，於1655年6月底到達中國邊境的庫庫河屯，就是如今的呼和浩特。
巴依科夫回國後，將他在中國的見聞和執行使命的情況寫了一份條陳上報俄國政府。
條陳裡寫到：“在中國的庫庫河屯居住著土貝特人，他們說的是蒙古語。兩名長官住在城裡，他們是由汗八里派來的。費奧多爾 依薩科維奇 巴伊科夫從阿布噶的駐地派哥薩克彼得 馬利寧和雅科夫 巴伊卡洛夫斯基以及布哈拉人巴布林 耶魯巴巴耶夫來中國的庫庫河屯城解決糧食和運輸工具問題。但是兩位長官全都拒絕了，說‘由於我們無我國皇帝的有關喻旨，我們不能供給你們糧食和運輸工具’，還說‘又不是我們請他來的，他用不著來我們城市，他應該去邊境城市喀普喀’”。
此處提到的“汗八里”就是北京的突厥語讀音，即康巴魯克。由於中俄雙方語言不通，然而雙方都懂蒙古語，因此使團中能講蒙古語的韃靼人就擔任了翻譯，這一點與當年佩特林使團是一樣的。
巴伊科夫於1月21日（俄歷）離開庫庫河屯。他描述說：“庫庫河屯是個土城，城樓則是由燒製的磚建成，城門樓很高大，每個城門樓下面有兩道門。門寬約16寸，城門用橡木做成，包以鐵皮。有6個城門樓可供通行。他們沒有火器，大炮和火槍都沒有。但是城裡城外廟宇很多，都用磚砌，廟宇像俄國式樣，還鋪著琉璃瓦。
城裡店鋪林立，都用磚砌成，還帶有後院。店鋪建造的樣式很像俄國的，也掛有招牌……小東西他們都是拿茶葉去換的，14包茶葉值白銀一兩。商店中的貨物有各種緞子和棉布，都是他們中國的色彩，還有大量的各色絲綢。他們有許多鐵和銅。柴草是用大車運到城裡來的。
他們的農田也很像俄國的農田，種植的作物有小麥、大麥、燕麥、亞麻及大麻等等。各種木材都有，如橡木、白樺、松杉、菩提樹以及樅樹。這裡不見有雪，城市位於一個大盆地的低窪處，四周都是高山，靠城流過的一條河，但並不大，它是向西流的。整個郊外都是耕地。”從這段記敘來看，當時呼和浩特的商品豐富，場很繁榮，茶葉是可以當貨幣使用的。
2月10日（俄歷），巴依科夫抵達喀普喀，這座城市中的兩名官員不願意為他們提供食物和運輸工具。他們說：“沒有皇帝的諭令，就不能提供這些，不過我們可以向皇帝上奏這一情況。”2月12日（俄歷），他們便派信使去了北京。
巴依科夫記載：“邊城喀普喀地處叢山之間。在城市兩側的山上有一道蜿蜒的長城，用自然石建成，高三沙繩（俄長度單位），寬一沙繩半。喀普喀城用磚建成，外刷石灰。這道長城起自蘇克契（肅州）以外的海，即出產馬蹄形大黃根的中國大黃產區；經過中國的京城後，又伸延到大海。以上情況我們是從大布哈拉人、卡爾梅克人以及中國人那裡聽說的。
邊城喀普喀所出售的各種物品都很貴，麵粉、小米和熟燕麥粉等，我們購買每普特花了一兩銀子，買3頭小牛分別用去6、7、8兩銀子。”從巴依科夫的描述中推測，喀普喀可能就是如今的張家口，而且那裡當時的物產並不豐富，貿易也不發達，所以物價很貴。
巴依科夫在喀普喀等了近十天，2月20日（俄歷），皇帝的聖旨終於到了，還派來兩名官員，命令他們進北京，第二天，他們就上路了。
巴依科夫是如此描述沿途景物的：“按牧民那樣走法，從邊城喀普喀前往汗八里是7天，沿途共有18個城鎮，多數是用磚砌的，有幾個雖是土城，但城樓還是用磚砌後刷石灰的。城樓都不開窗戶，僅在頂上有天窗和槍眼。在城樓和城牆上不見有槍炮，但城門口有士兵站崗，他們的武器是三筒步搶，槍是鐵的，沒有槍栓，只有約半俄尺長;長僅一俄尺的小鐵炮，還有橡木棍、長矛、佩刀等等。可是各城鎮都沒有大炮。河上都架有石橋，是用天然石建的，十分雅緻。但是河都不大。
各城鎮都有各種瓜果蔬菜。每個城門口都建有兩三個哨堡。長官外出時，前面有人為他們打著大黃布傘。在他們左右兩側也各有一兩個人手裡握著頂端漆成金色的大棒，一邊走一邊用他們的話大喊，不知在喊些什麼。長官由4個人或6個人抬著，坐在由兩根槓子架著的小房子裡。”
根據當年佩特林使團在明朝時進北京時的記載，再對照巴依科夫的這段記敘可以發現，清朝時進京沿途的城防和武備遠不如明朝。明朝時城牆和城樓上都有大炮，而到了清朝，呼和浩特根本沒有火槍火炮，張家口一線的城防武器只有簡陋的三眼銃和一些小鐵炮。導致這種情況的原因可能是清朝與那一帶的蒙古人是同盟而不是敵人，而在明朝時，那裡是九邊重鎮，是邊境防禦的重點。
3月3日（俄歷），巴依科夫一行來到北京城外，清朝派了10名官員在一座喇嘛廟前迎接他，剛一見面，就在禮節上發生了不快。
清朝官員要求巴依科夫在廟前下馬，並對著廟門跪拜磕頭。被他拒絕了，他說：“還沒有見到皇帝就叫我跪下磕頭，這不符合我國的習慣。在我國，見大沙皇的規矩是：站著，脫帽向他鞠躬。”
這時有人送來黃油奶茶，並告訴他這是皇上賞賜的茶。但巴伊科夫並沒有喝，他抱歉地說：“按我們基督教規定，現在正值齋期。”
清朝官員很不滿地說，如果你真是沙皇派來見覲見皇帝的，那至少要懂得禮節，應當把茶接過去！於是巴伊科夫先接過茶碗，然後再把它遞回去，清朝官員默認了他的這一行為，並帶他們進入北京，前往下榻處。
當他們進入北京城門時，巴依科夫見到在城門右側架著三尊小銅炮，都只有一俄尺半長；透過城門後，又在城樓裡邊見到左、右兩側各有兩尊同樣的炮。
他們騎馬進城後，走了三俄裡左右，來到供他們居住的驛館。巴依科夫說這個驛館只有兩間石頭築的廳堂，上面有天花板，椅子上鋪著草編的墊子。當天，負責接待的衙門按一般標準給他們配發了食物，有羊、魚、酒、牛肉、茶葉、麵粉等等。看來清朝為了顯示大國氣度，在招待外國使節時還是比較慷慨的。
很快，雙方在覲見禮儀上又發生了衝突。3月4日（俄歷），順治帝派大臣來取俄國人進獻給“博格達汗”的禮物，卻遭到巴依科夫的拒絕，他說：“這不符合我們大君主的規定。所有與我們交往的鄰國皇帝在接見大使時，總是先由大使向皇帝呈遞書信，然後再呈交禮品。”
但清朝大臣說：“那是你們主子的辦法，不是我們的，一位帝王不能指揮另一位帝王。皇上派我們來，明確命令我們按禮單將禮物取走。但沙皇如果只是為了貿易派你們來的，這些物品你們可以自行處理。”
巴依科夫解釋說他此來並非為了貿易，而是為了友誼，是代表沙皇來向皇帝贈送禮品的。
清朝大臣仍堅持說他們是奉命來取禮品的，因為這些禮品本來就是沙皇送給皇帝的，於是他們把這些禮物強行帶走了，並且告訴他，信件將由皇帝親自從他手裡接受。
3月6日（俄歷），清朝大臣再次來見巴依科夫，命令他帶上書信去朝廷，但巴依科夫表示沙皇是派他帶著書信來見皇帝而不是見那些官員的。
4月11日（俄歷），清朝官員讓巴依科夫從原來住的院子搬到另一個有著4座廳堂，雕樑畫棟，鋪著琉璃瓦的大院。
8月12日（俄歷），清朝大臣又一次叫巴依科夫帶上書信去朝廷，仍然被他拒絕。清朝大臣威脅說，如果再不聽皇帝的命令就要處決他。巴依科夫強硬迴應說：“即使你們要肢解我，我在沒有親眼見到你們皇帝前 也絕不會去朝廷見你們這些官員，更不打算把大君主的信交給你們！”
隔天，清朝派人把上次拿走的禮物送了回來，並且傳話：“奉皇上的命令，現將禮品退還給你，因為你完全不從他的旨意：既未持書信來朝廷見大臣，也未按我方朝儀叩頭……不論由哪個國家派來的使節都未見過皇帝，我們也從未見過他，能接觸皇上的僅限於近臣和王爺們。”
1656年9月4日，清朝對巴依科夫下了驅逐令，要求他馬上離開北京，並且不提供運輸工具，只給了一些食物，而且不允許他們沿途購買。清朝還派了30名騎兵押送他們，巴依科夫的駱駝和馬匹由於沒有飼料，都在路上餓死了。
巴依科夫說他在北京期間像坐牢一樣被關押在驛館裡，不得自由出入，所以對北京城的情況並不瞭解。然而，在他給俄國政府的條陳裡，卻對北京的建築風格、市井風貌、社會狀況、市場情況做了詳細描述。所以他雖然可能確實因為禮儀問題惹惱皇帝而被軟禁在住所，但應該不是至始至終都被關押，至少有一段時間他可以自由活動，這才可能對北京的各個方面做如此細緻的觀察。
巴依科夫曾在驛館裡與中國商人交易，他說：“從各商號送到使館大院來的貨物，價格比在俄國要貴得多。他們將駱駝和馬出售後換回白銀，但白銀中摻有鉛和銅，銀的含量尚不到一半。中國商人還送來銀器供他們選購，可是所有銀器中也都摻了銅。珍珠的價格也十分昂貴，相當於俄國珍珠的兩倍。至於寶石，沒有一塊是有價值的。俄國貨物除了銀鼠和北極狐之外，都沒有銷路。”從這段記載可以發現，當時清朝入關不久，南方還處於戰爭中，經過明末以來的長期戰爭，中國當時國力凋敝，海外貿易也中斷了，市場上白銀短缺，物資緊張，導致物價高昂。
關於北京的城市建築，他說：“汗八里的房屋都是磚砌的，構造簡單，鋪著各色琉璃瓦，到處都畫著龍，除皇宮外，其他房舍都很低矮。”
“主要街道上都鋪著花崗石，兩旁有很深的水溝，通到河裡。下雨時，雨水都從水溝排走了，所以街上沒有泥濘。”
巴依科夫眼中的皇宮和朝覲儀式是這樣的：“皇帝住的院子很大，宮殿建築得高大雄偉，刷成各種顏色，共有5個磚砌的大門，但總是關著。大門口日夜站著衛兵。大門外有5座漢白玉石橋，橋的欄杆也是漢白玉的，幾座橋都建造得非常出色，橋石用鐵栓相連。橋的對面立有一個石柱，高6沙繩，也是用整塊同樣的漢白玉石鑿成，上面刻有金色漢字。面對皇宮有一個大廣場，各級官員每月三次來這裡向皇帝朝拜:月朔、22日和29日。每月朔日，所有寺廟都掛出旗幟，使各界人土周知。大貴族也即他們所謂的王爺以及各級官員都來到廣場跪拜，他們不用墊子，而是坐在一塊他們自己帶來的氈子上。他們穿著錦緞袍子前來朝拜，一坐便是一個多小時。然後才有一個品級不明的人從大門後的宮殿中走出來，用他們的話大聲喝令，使所有參加朝拜的人都能聽到。他們都站起來，然後不脫帽跪下磕頭三次，接著再坐上一個多小時。這時那個人又出來和以前一樣喝令，所有人又起立，再跪拜三次，這樣共重複了三遍。但是他們從未見過汗本人。當第三次跪拜完畢後，從皇上那裡送來一些紀念品發給每個人……也把大象牽到宮 城門口，叫它們也按同樣方式跪拜，大象共計26頭。”
朝覲時居然要讓大象三拜九叩，這個記載很罕見，也很有趣，清朝宮廷裡訓練大象的水平不亞於如今的馬戲團。
巴依科夫對他所見到的北京世俗生活場景也做了詳細描述：“住在中國京城汗八里的博格達皇帝是蒙古族……中國京城的蒙古人並不多，但漢入卻非常多。王爺，如我們所說的大貴族，以及各級官員都是蒙古族的，他們在步行或騎馬時都帶著刀劍和弓矢，但漢族人無論步行或騎馬都不帶武器。衙門裡當官的沒有漢人，漢人只幹粗活、做買賣、耍手藝。
中國京城的男女居民都很健壯乾淨。但漢族婦女的腳都非常小，小得和孩子的一樣。據說，是故意把腳纏成那個樣子的。她們穿的棉襖都很短，開襟，不過袖子卻很寬大，像我們的夏衫。她們的頭髮梳成日耳曼人的樣式。男子身穿帶扣的長袍，釦子縫在下。不論男女，衣服的顏色都很素淨，只有王爺和朝臣才穿華麗的衣服。他們在冬季戴一種小帽，很像便帽，只是在帽頂上有一簇紅絲纓。夏天男子戴的帽子也不大，用草編成，頂上也戴相同的紅纓。男子不蓄髮，僅在頭頂留一簇頭髮，梳成蒙古式辮子。
中國京城裡的人們吃各種噁心的食物，青蛙烏龜和狗肉都吃，在商鋪裡就有煮熟的狗肉賣。東西樣樣都很貴，一隻活天鵝要賣二三兩白銀，一隻家鵝要一兩銀子……
蒙古婦女很清潔，不纏足。她們穿卡爾梅克式的拖到地面的長袍，把腳也遮住了。她們把頭髮梳成辮子盤在頭上，不帶頭巾或帽子，但有些婦女則用黑頭巾包著。不論男女，穿的衣服都是黑顏色的。
每當王爺，也即我們所說的大貴族外出時，總有人在他們面前打著兩三把傘。左右又各有7～9人身著彩色衣服，手持兩頭金色長約一沙繩半的木棍。王爺經過時，迎面沒有一個人騎馬過來。從王爺對面騎馬過來的那個人，必須立即下馬，改為步行，直到看不到王爺為止。在王爺後面的隨從大約有100人或者更多。”
巴依科夫被逐出北京後，走了9天，也許是對自己未能完成使命很不甘心，於是他改變了想法。9月13日達到宣化府後，他派人回北京，表示願意接受清朝的禮儀，同時繼續前往喀普喀。9月19日，北京派來一位使者，他告訴巴依科夫，皇帝已知道到他有改變決定的想法，他是奉命前來確認的，他問巴依科夫是否願意將書信交給朝廷並行跪拜禮，巴依科夫明確表示他願意。使者讓他原地等待皇帝的命令，七天後的9月25日，皇帝的信使再次趕到，他通知巴依科夫：“我國皇帝不同意召你回汗八里，因為你在派出人員去汗八里後，又移動了地點，來到最後一個城市以外的地方。我們皇帝和大臣們由此斷定：舉止如此無常的人，其神志未必清醒。他雖自稱是奉信正教的大君主派遣，但是一點也不懂對待皇帝的禮節。”就這樣，中俄兩國之間的第一次正式交往很不愉快地以失敗告終。
當時的清朝只有中國傳統的天下觀，而沒有近現代意義上的國家概念，更不知近現代國家關係和國際禮儀為何物；他們以天朝上國自居，將其他所有國家都視為蠻夷，理所當然地認為沒有任何一個國家有資格與天朝平等相處，任何一個國家的使節前來都只能是朝貢而不是訪問；在清朝皇帝的眼裡，所謂外交禮節就是以外國使者匍匐在他腳下磕頭並奉上貢禮開始，再由他賜予成倍的禮物結束，任何想改變這種禮節的念頭都是僭越，為天朝所不容。
清朝的這種天下觀一直維持到1860年，已經吃過洋人堅船利炮苦頭的他們居然還要求世界上最強大的英國執行這種禮節，當英國使者不願意磕頭時竟然被以暴力強迫磕頭，這種愚蠢而野蠻的行徑不啻自取其辱，在隨後的火燒圓明園的沖天烈焰中，天朝皇帝的威嚴被燒為灰燼，曾經不可一世的大清帝國成了匍匐在洋人腳下的奴僕。
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