微生物的存活、生長繁殖受到環境中各種因素的影響，與外界環境的變化密切相關。消毒的原理就是改變微生物賴以生存的環境，使微生物的內外結構發生改變，使其喪失正常的代謝機能，生長繁殖受阻，從而喪失生物活性，失去感染宿主的能力。

消毒劑的作用原理可以分以下三種：

1、改變病原微生物細胞膜的通透性

細胞膜的具有控制物質進出細胞的功能，它也將細胞內環境與外界環境隔開，保障細胞內部環境處於相對穩定的狀態。

表面活性劑、酚類及醇類可導致胞漿膜結構紊亂並干擾其正常功能。使小分子代謝物質溢位胞外，影響細胞傳遞活性和能量代謝，甚至引起細胞破裂，最終出現失活死亡。

2、干擾、破壞病原微生物的酶系統

酶是具有高度特異性和高效催化作用的蛋白質或RNA。它的效能決定於酶分子的一級結構及空間結構的完整性。如果酶分子發生變性或亞基解聚均可使酶活性喪失，使生命體失去生長繁殖的能力。

許多消毒劑能破壞微生物的酶系統，從而影響微生物的代謝，發生抑菌和殺菌作用。如某些氧化劑和重金屬鹽類能與細菌的巰基結合並使之失去活性。

3、使病原微生物的蛋白質凝固、變性

蛋白質是有機大分子物質，是生命體的物質基礎，是生命活動的功能物質。它的空間構象、分子完整性與生命及與各種形式的生命活動息息相關。

酸、鹼和醇類等有機溶劑可改變蛋白構型而擾亂多肽鏈的摺疊方式，造成蛋白髮生不可逆的變性、凝固，導致結構蛋白和功能蛋白都遭受嚴重破壞。如乙醇、大多數重金屬鹽、氧化劑、醛類、染料和酸鹼等。

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