前面介紹了蛋白受體檔案的預處理，這裡處理小分子就簡單多了。

同樣的，開啟小分子檔案。我前面準備了2個格式的檔案，選擇其中一個，這裡我選擇了mol2格式的。

前面提到

在選擇一個分子作為配體或受體之前，必須把所有的氫都加到這個分子上。所以這裡我們開啟小分子檔案後，加氫這一步彈出的視窗你預設就行，

如果你讀入的PDB格式的檔案，那麼在方法處選擇的是noBondOrder ，預設也是noBondOrder

。

接下來，將分子選為配體。

輸出PDBQT格式的配體檔案。接下來檢測一下扭轉鍵和中心。

匯出為PDBQT

我這裡儲存的檔名為：quercetin。pdbqt

可能有的同學還會以如下圖的方式新增電荷。

但其實這一步沒有必要，

而且會出錯

，因為我們前面透過Ligand裡面設定的時候，軟體已經自動給我們自動處理好了。就是下圖中的彈出框，比如融合了5個非極性氫。

但是，有時候，我們不手動新增電荷，按照上面的操作，有的小分子也會報錯

，

怎麼解決？

官方的描述是這樣的：If each ligand atom already has a ‘partial charge’ those charges are used。 If not or if each of the charges is zero， ADT computes Gasteiger charges for the entire ligand。 For this calculation to work correctly， the molecule must already have hydrogen atoms added， including both polar and non-polar ones， prior to this step【翻譯：如果每個配體原子已經帶有“部分電荷”，這些電荷就會被使用。如果不是，或者每個電荷都為零，ADT計算整個配體的Gasteiger電荷。為了使計算正確進行，在此步驟之前，分子必須已經添加了氫原子，包括極性的和非極性的。】，我麼只需要記住，

如果出錯，那就是每個電荷都為零的情況，我們在選擇作為配體之前需要計算Gasteiger電荷，具體怎麼計算看下圖，按照下圖操作後在設定為配體

。

那麼如果沒有出錯，是每個配體原子已經帶有“部分電荷”的情況，

在設定為配體之前，

我們需要計算Gasteiger電荷嗎？

不需要，如果再計算Gasteiger電荷，本身原本就有部分電荷，最後對接的結合能是不一樣的。只需要記住，如果設定為配體出錯，再去計算Gasteiger電荷。