朱允炆即位後，任命黃子澄兼翰林學士之職，與齊泰同參國政，共謀削奪藩王權。齊泰打算首先向燕王朱棣動手，但黃子澄有不同意見，認為周、齊、湘、代、岷諸王，在先帝時候，就做了很多不法之事，削之有名。現在想要問罪，應該先從周王開始。

周王是燕王的母弟，削周是剪除燕王的手足。最後黃子澄的意見被採用，周王等五個藩王先後被削藩。朝廷用黃子澄和齊泰的計謀，調走燕王手下精兵，又在燕王府所在地北平一帶調動軍隊以監視燕王。

當年四月，朱棣回到北平後，就向朝廷告病，過了一段時間，病越來越重，居然成了病危。這場病並不是突發的，而是醞釀了相當長的時間。因為在即將到來的五月，朱棣有一件不想做卻又不得不做的事情。

五月，是明太祖朱元璋的忌日，按照禮制朱棣應該自己前去，但朱棣敏銳地感覺到如果這次再去京城，可能就回不來了。

可是父親的忌日不去也是不行的，於是他派長子朱高熾及另外兩個兒子朱高煦、朱高燧代替他祭拜。一下子派出三個兒子，除了表示自己重視此事外，另一個目的就是告訴朝廷，自己沒有異心。

但當時的形勢已經很明，朱允炆擺明了就是要除掉藩王，此時把自己的兒子派入京城，簡直就是送去的人質。果然，朱高熾三兄弟一入京，兵部尚書齊泰就勸建文帝立刻將此三人扣為人質。

建文帝本也表示同意，但黃子澄竟然認為這樣會打草驚蛇，應該把這三個人送還燕王，表明朝廷並無削藩之意，以麻痺燕王。

建文帝拿不定主意，此時魏國公徐輝祖出來說話，按親戚關係算，這三個人都是他的外甥，他看著此三人長大，十分了解此他們的品行，他對朱允炆進言，絕對不能放這三個人回去，因為此三人不但可以作為人質，而且都身負大才，如若放虎歸山，後果不堪設想。

緊接著，徐輝祖特別說到了朱高煦這個人，他告訴朱允炆，在他這三個外甥中，朱高煦最為勇猛過人也最為無賴，他不但不會忠於陛下，也不會忠於他的父親。可是決定權在建文帝手中，他最後作出決定，放走了朱高熾三兄弟。