1661年，順治皇帝駕崩，年僅8歲的愛新覺羅·玄燁登基為帝，為康熙皇帝。
1662年，改年號為康熙。當時，所有國家政務都由順治皇帝留下來的四位託孤大臣索尼、遏必隆、蘇克薩哈和鰲拜共同輔理。
1667年，康熙皇帝到了親政的年齡。
康熙帝親政的時候，距離清朝入關已經二十四年。清王朝以康熙皇帝為代表的新的一代已經成長起來。他們對自己各旗的前輩們之間的利害衝突沒有切身的感受，對滿洲女真在關外時的老舊傳統也不怎麼留戀。
鰲拜重翻各旗之間的舊賬，特別是鑲黃旗和正白旗的鬥爭進行延續的做法，引起康熙皇帝深深的憎惡與憂慮。
輔政大臣與皇權之間的矛盾，此時成為康熙皇帝面臨的一個主要問題。
他有心將鰲拜剷除，卻又顧慮鰲拜黨羽眾多，勢力強大，自己手中無實權，一時很難取勝。他決定憑著皇帝的權威碰一碰鰲拜的觸角，嘗試一下能否對鰲拜進行鉗制。
康熙六年（1667年），也就是康熙皇帝親政的第一年，康熙皇帝下詔讓文武大臣們直言進諫，滿朝文武因懼怕鰲拜的專橫獨行而無人敢言。
當時任弘文院侍讀學士的漢人小官熊賜履，猜中了康熙皇帝的心思，決定用自己的前途進行豪賭，上疏幾千言，陳述了自己對當時清朝面臨的問題的見解，語言尖銳犀利。熊賜履這一舉動，特別是上奏朝廷的奏摺中說道“甄別督撫，以民生苦樂為守令之賢否，以守令貪廉為督撫之優劣”，“內臣者，外臣之表也，京師者，四方之倡也”的言辭，深深惹怒了鰲拜。這是他輔政六年來從未出現過的事情。
他深深意識到熊賜履的主要意圖就是彈劾自己，一個低賤的漢人居然敢彈劾自己，鰲拜怒不可遏地要治熊賜履以“妄言罪”，企圖傾陷報復。但康熙皇帝卻對熊賜履感到讚賞，堅決反對處理熊賜履，鰲拜只得作罷，這一次是康熙皇帝首次勝利對抗鰲拜。
康熙七年（1667年），康熙皇帝又抓住機會，給鰲拜錯判的一件冤案平反昭雪，大大打擊了鰲拜的氣焰。
幾個月後，原欽天監官員，西方傳教士南懷仁上疏康熙皇帝，彈劾欽天監監正楊光先，因為他所編制的《康熙八年七政民歷》錯誤重重。楊光先原本只是新安衛官生，對天文曆法只是略知皮毛而已。但是他具有強烈的排外情緒，十分妒恨湯若望因受順治皇帝信任而獲取欽天監監正的職位，當時曾再三上疏攻擊湯若望的西方自然科學是邪說惑眾，改革舊曆法是謀造反（指順治皇帝時因湯若望重製《時憲曆》而廢止了原有的《大統歷》和《回回曆》），楊光先因此而受到順治皇帝的懲處。
但是楊光先死性不改，康熙三年（1664年），楊光先抓住機會再次上疏，彈劾西方傳教士湯若望，企圖藉機為自己翻案。
鰲拜本就是守舊派大臣，不分青紅皂白，僅僅因為湯若望是順治皇帝的寵臣，便大肆羅織罪名，將湯若望和在欽天監任職的另外一位傳教士南懷仁和與他們有來往的一些中國官吏抓進監獄，直接宣判死刑；同時廢止了攝政王多爾袞命名的《時憲曆》，並委任楊光先為欽天監監正。
時隔不久，北京發生大地震，鰲拜以為這是上天對他處罰湯若望的報應，又匆忙將湯若望、南懷仁等人釋放，但卻不准他們這些通曉天文曆法的西方傳教士再進欽天監。
楊光先主持欽天監工作後，重行已經過時的《大統歷》和《回回曆》，結果使欽天監的天文推算謬誤不斷，貽誤農時，逐漸失去朝中大臣的信任，因而受到彈劾。
康熙皇帝本身就愛好西方自然科學，他在接到南懷仁的奏摺後，沒有匆忙做出判斷，而是一面派大學士圖海等人親臨觀象臺進行實地考察，一面派人徵詢南懷仁的意見。觀測與推算的結果，都表明楊光先徒有虛名，計算錯誤百出，不應再在欽天監供職。
康熙皇帝當機立斷，下令撤去楊光先的職務，命南懷仁重返欽天監工作。
對此鰲拜當然極不情願，但事實俱在，朝中多數大臣又都支援皇帝的做法，他也只能沉默以對。
經過幾次試探，康熙皇帝看出鰲拜雖然專橫跋扈，卻對清朝依然比較忠誠，但是他要親政，就一定要把鰲拜搞下去。
鰲拜是一個魯莽愚蠢，缺少心計的人，康熙皇帝認為只要多用心思，以智取勝，就能將鰲拜除掉。
康熙帝周圍有幾個與他見解、性格都比較相投的心腹親信。比如皇后的叔父、索尼的第三子索額圖即是最重要的一人。
他從少年時起就在宮中擔任侍衛，因對皇帝忠心耿耿，很快就從三等侍衛升至一等侍衛，康熙七年又被授予吏部侍郎。此時他已經瞭解到康熙皇帝除去鰲拜的意圖，便主動辭去吏部侍郎的職務，只擔任一等侍衛，效力於康熙皇帝左右。
康熙皇帝於是利用索額圖職務上的便利，命他每天率領一些十五六歲的青年衛士訓練滿州女真部落傳統的摔跤運動——布庫戲，即使鰲拜入宮朝見也不迴避。
時間一長，果然麻痺了鰲拜，鰲拜後來一直以為是尋常之事，也不放在心上。
康熙八年（1668年）的一天，康熙皇帝覺得時機已經成熟，決定在南書房召見鰲拜。鰲拜不疑有他，沒想到剛步入南書房，衛士們便一擁而上，將他拽住。轉眼之間，這位當年馳騁疆場的將軍，就成了布庫少年的手下敗將。接著，康熙皇帝傳諭康親王傑書等擬定鰲拜、遏必隆及其同黨的罪狀。
傑書為了巴結康熙皇帝，上奏說鰲拜所犯大罪有三十條，應該將鰲拜進行革職，並且必須立斬，他的兒子兄弟都應該全部處斬，妻妾全部罰為奴婢，家產全部籍沒。有官職及在軍中的族人，應該全部革退，並且全部變成披甲人；而遏必隆所犯大罪有二十條，應該將遏必隆進行革職，處以絞刑，主家的妻女都罰為奴婢，有官職及在軍中的族人，應該全部革退，並且全部變成披甲人。另外鰲拜的同黨大學士班布林善、侄子內廷行走塞本得、吏部尚書阿思哈、戶部尚書馬邇賽、兵部尚書噶褚哈等二十多人，也都應受革職立斬的處分。
但是康熙皇帝不愧為一代大帝，他知道鰲拜對清朝並沒有反心，但他不得不除去他。本來康熙皇帝已經決定要將鰲拜抄家滅族，凌遲處死，但當康熙皇帝看到鰲拜全身的傷疤，這都是當年為了清王朝南征北戰留下的密密麻麻功勳，康熙皇帝最終還是心軟了下來！
而且現在鰲拜已倒，他已經奪回權力，目的已經達成，而傑書等人提出的懲處名單牽連過多，容易引起朝堂的動盪，為此康熙皇帝經過深思熟慮，決定採取寬容態度，將鰲拜從寬免死，僅“革職籍沒，仍行拘禁”；對遏必隆的處理更輕，只是“免其重罪，削去太師”。
在這次政變中，處以死罪的僅有鰲拜的心腹班布林善等七人，其餘二十人都受到不同程度的赦免，一場朝堂地震最後卻悄無聲息。
從此，康熙帝開始真正的親政，清王朝的歷史翻開了新篇章。
