成吉思汗鐵木真有嫡子4個，分別朮赤、察合臺、窩闊臺、託雷。在這4個人中，鐵木真最喜愛的是幼子拖雷，因為他戰功卓著，軍事能力比較強。

然而鐵木真並沒有因為自己喜愛託雷而傳位於他，而是指定了有治國才能的窩闊臺為繼承人。

1227年，成吉思汗鐵木真死於六盤山營帳裡。此時成吉思汗指定的繼承人窩闊臺理應登基，但是由於蒙古的部落議會制度仍起作用，汗位要等庫裡臺大會做最後的決定。

在汗位空缺的兩年中，由拖雷監國（有些人則認為此時託雷是大汗，其實只是監國。拖雷的皇帝是他兒子們追封的）。庫裡臺大會後，窩闊臺如願繼承汗位。

在庫裡臺大會期間，還發生了爭執。有些人主張推舉拖雷為新大汗，反對成吉思汗的遺命。然而察合臺全力支援窩闊臺，託雷勢孤（朮赤已死）只得擁立窩闊臺。

窩闊臺在位13年，於1241年豪飲而死。貴由雖然是窩闊臺的長子，但窩闊臺並不喜歡他。窩闊臺本想立三子窩出為繼承人，然而窩出在早年間戰死。窩闊臺又想立窩出的長子失烈門為繼承人。

但是由於窩闊臺突然駕崩，沒來得及立下遺詔。此時貴由出征在外，窩出的長子失烈門尚且年幼。便有人提出建議有窩闊臺的皇后乃馬真暫時監國（貴由的生母），等庫裡臺大會再來推舉出新的大汗。

皇后乃馬真監國的5年間，為了能讓兒子貴由順利繼承汗位，濫行賞賜，極力拉攏宗室和大臣。在一切準備就緒後於1246年舉行庫裡臺大會。

朮赤的兒子拔都在軍中威望最高，聽說要推舉貴由為大汗，心中不滿，以稱病為由拒絕赴會。貴由繼位以後懷恨在心便舉兵西征，討伐拔都（這為蒙哥繼位埋下伏筆）。

然而貴由僅僅在位兩年，便在西征的途中病逝了，由皇后斡兀立海迷失臨朝稱制。拔都為了對抗窩闊臺系，以長支宗王的身份邀請各大臣、部落首領去他的領地召開庫裡臺大會。窩闊臺系和察合臺系拒絕參加。

在此次大會中拖雷的長子蒙哥在拔都的提議下，大家推舉他為新的大汗。但是由於窩闊臺、察合臺兩家拒不承認，蒙哥只得邀請各大臣、部落首領到蒙古斡難河畔再次召開庫裡臺大會。

蒙哥的母親、拖雷的妻子唆魯禾帖尼藉助拖雷生前的聲望，極力拉攏各宗王貴族。最終於1251年庫裡臺大會上，蒙哥在各大臣、貴族的擁戴下順利登基。自此蒙古帝國的汗位由窩闊臺一脈轉移到了拖雷一脈。也引發了後來蒙古帝國的分裂。

蒙哥死後，帝國再一次發生了汗位爭奪的鬧劇。這一次的主角是蒙哥的兩位弟弟忽必烈和阿里不哥，他們甚至發展到了兵戎相見的地步。

1259年蒙哥去世，留守漠北的阿里不哥想方設法誘使忽必烈回到草原，逼其擁戴自己為大汗。然後忽必烈並沒有就範，而是於1260年在開平城率先宣佈繼任大汗。在忽必烈宣佈繼任大汗的幾個月後，阿里不哥也在漠北庫裡臺大會上被擁立為大汗。

這樣就出現了兩大汗相抗衡的局面，蒙古帝國陷入了歷時4年之久的激烈內戰。忽必烈憑藉中原地區雄厚的財力、物力支援，最終打敗了阿里不哥。

然而在忽必烈獲勝後，支援阿里不哥的欽察汗國、察合臺汗國、窩闊臺汗國徹底從蒙古帝國分裂出去。

1271年，忽必烈仿效中原王朝的政治體系。取《易經》“大哉乾元”之義，建國號為大元，確定以大都為首都，正式成為皇帝。

參考資料《元史》《中國皇帝全傳》