除掉徐達這個功臣後，朱元璋轉而謀劃徹底剷除一個名叫藍玉的功臣，為什麼要剷除他呢？因為只有剷除他，才能說明朝廷中不再有對朱元璋構成威脅的將領了。

在對待徐達和藍玉的問題上，朱元璋採取的謀略是一致的，但結果則完全不同。這又是為什麼呢？原來，這個藍玉為人驕橫、目空一切，根本不把朱元璋放在眼裡。一次在慶祝戰爭勝利的宴會上，朱元璋召叢集僚為藍玉擺酒慶功。宴會開始，朱元璋致辭，說到了這次戰爭的準備，朝廷的謀劃，將士的英勇，並特別表彰了藍玉，說“藍大將軍橫掃敵軍，一次戰役就大獲全勝，功垂永久，就是漢朝的衛青、唐朝的李靖也無法超過他啊！”而且朱元璋提議為藍大將軍的凱旋滿飲一杯。

對這樣的榮耀、這樣的恩寵，藍玉本應該表現出誠惶誠恐、感激涕零的樣子，然而，他卻不躬不揖，不跪不拜，也不把這勝仗說成是皇帝的庇廕。他舉起酒杯，一飲而盡，而後隨口說道：“藍某掃滅這些小丑，如探囊取物，何足掛齒。”面對藍玉如此傲慢無禮，朱元璋居然呵呵一笑道：“藍大將軍說得很對，希望以後再接再厲！”宴會之後，朱元璋開始謀劃著剷除藍玉的具體行動了。為了增加此次行動的保險係數，朱元璋搞了一個小動作來抑制藍玉的囂張氣焰。

藍玉平定了湖廣與貴州幾處少數部族反叛後，朱元璋下詔令說：“藍玉功勳卓著，給他增加五百石祿米，因他對自己家鄉比較熟悉，朝廷特意任命他為自己家鄉定遠的父母官。”朱元璋這樣做的目的很明顯，就是逐步削減藍玉的權力，為自己最後剷除這顆釘子掃清障礙。在藍玉回到家鄉後的很長一段時間，朱元璋派人密切監視他的行動，但卻沒有對他採取進一步的行動，這是為什麼呢？原來，朱元璋認為藍玉還有利用的價值，果然，不久藍玉又被朱元璋派去跟蒙古軍隊作戰。

然而就是在這個時期，發生了一件事情，也正是這件事情堅定了朱元璋必須快刀斬亂麻的決心一天，藍玉帶著自己的幾個部下來覲見朱元璋。朱元璋熱情地接見了他們，當要交代的事情都交代完之後，朱元璋對藍玉的部下說：“你們幾個先退下去，我要單獨跟你們的統帥說會兒話。”沒想到那幾個將軍聽了朱元璋的話後，仍跪在朱元璋的面前，沒有一個人起身離去。朱元璋很納悶：“難道我說的話那麼難懂嗎？”此時，讓朱元璋感到震驚的事情發生了：只見，藍玉大手一揮，那幾個人立刻都退出去了。朱元璋感到了一種威脅。

這次覲見之後，朱元璋加緊了打擊藍玉的步伐。朱元璋開始逐步限制藍玉的軍事活動。當藍玉奏請在建昌一帶招募士兵加強明王朝在這裡的控制力度時，朱元璋不僅拒絕了，而且發了一道上諭催促他馬上回到京城，藍玉只得悻悻回來。這時，太子因病死去，朱元璋很快便立了太子的兒子為儲君，故意以馮勝、傅友德為太子太師，封藍玉為太子太傅。這顯然是針對藍玉的，因為按照資歷，前兩個人都不如藍玉，但是職位卻在藍玉之上。

朱元璋認為藍玉已經沒有什麼可以與自己相抗衡的時候，他的屠刀終於揮了起來。１３９３年２月８日，這天早朝跟往常一樣，很平靜。突然，錦衣衛的一個小頭目站了出來參奏藍玉謀反的種種罪狀。朱元璋聽後大喝聲：“來人，把這個反賊給我拿下。”藍玉還沒明白怎麼回事，就被拖出了大殿。兩天後，朱元璋沒有給他任何申訴的機會，就將他秘密處死。

可憐一代名將至死都不明白，朱元璋何以剛剛重用了自己又對自己痛下殺手，他帶著這個難解的謎走入了墳墓。