盧循與徐道覆乘勝殺到江寧，前方已近建康，將士人數達到十幾萬，船隻前後綿延數百里，聲勢無比浩大。建康城內能抵抗計程車兵只有數千，眼看京城不保，要求朝廷過江北遷的呼聲越來越高，孟昶是認定劉裕不是盧循的對手，劉裕則認為：“朝廷一旦遷動，全域性就會土勇瓦解，江北又哪裡保得住？如今雖然兵土不多，但還可以打一仗。如果打贏了，則上下都安全，若是真的打不贏，我自會承擔責任，以身殉國，又怎能再說了！”

孟昶仍舊無比悲觀，便向朝廷上了一份表，說自己贊同劉裕北伐不對，以至現在社稷危殆，寫完後便服毒自殺。事實上，孟昶算對一半，而劉裕則算對了另一半，以賭徒的性格，有一半的把握，就至少要博他一博。最後的結果證明，劉裕的眼光準，運氣好，博贏了。先說孟昶的一半，盧循身邊的將才徐道覆，不但有識，而且有膽。他知道己方已處絕對優勢，而劉裕的軍隊為傷病困擾，還在休整之中，正是畢其功於一役的時機，便向盧循請求，從新亭、白石燒船上岸，分幾路進攻建康，與劉裕決戰。

而劉裕的那一半則押在盧循身上，盧循此人多疑少斷，因為聽到劉裕回師的情報，心生恐懼，裹足不前，只與劉裕對峙，延誤了最佳的戰機。盧循的如意算盤是退守尋陽，攻取江陵，以兩州的地盤與朝廷對抗，戰略家的眼光往往就從普通人的思想觀點中得到反襯。

徐道覆長嘆一聲，說出了那句哀嘆與豪言：“我終為盧公所誤，事必無成；使我得為英雄驅馳，天下不足定也“。對峙期間，劉裕在京城一帶招募了不少新兵，壯大自己的兵力，聚集大軍專守石頭城。劉裕又採納部下虞丘進的計策，在城外圍好防禦的柵欄，修築查浦、藥園、廷尉三左堡壘，派兵防守。工事完成，盧循再來打時，就不再有好運了，連續兩月不能打下柵欄，船隻還碰上了夏季的暴風，翻船淹死了不少人。盧循搖頭對徐道覆道：“哎，軍隊疲乏了，難振作略，咱們還是據守尋陽，西取荊州，再整天下吧。”只好下令退守尋陽。

估計徐道覆這個時候恨得牙癢癢，心裡想：“活該啊，早知今日，何必當初，可憐我徐道覆到頭來要陪著你倒黴！”然而勝敗之勢逆轉，便再也難以恢復，劉裕得到了最重要的財富——時間，便開始造大船，訓練水軍，組建起一支強大的軍隊。同時他派孫處與沈田子率領三千士兵從海路偷襲盧霜的後方老巢番禺。盧循的軍隊北上，幾乎是傾巢出動，番禺的防守早被忽略，孫處等人來到番禺，碰上大霧天，便猛攻人數極少的守軍，一舉成功。

北面的盧循各部全線陷入被動：徐道覆攻江陵不下，盧循本人又在雷池戰敗，想要逃往豫章，在左裡一帶築起柵欄，卻擋不住劉裕新建水軍的強大攻勢，死傷慘重，盧循只坐了一條小艇逃跑。盧循與徐道覆退到廣州境內，還想負隔頑抗。義熙七年初，徐道覆的始興城被晉軍攻破，徐道覆戰死。盧循攻不下孫處鼓手的番禺，繼續退入交州，最終被逼到龍編的一條河邊，投河自盡。東晉末年最後一場大內亂——孫恩盧循之戰至此畫上了句號。