佐助的查克拉屬性有雷和火兩種，其中雷屬性的代表忍術是千鳥，火屬性的代表忍術是豪火球。不過後期的佐助直接開掛輪迴眼，他的查克拉屬性也有兩種直接升級到多種。

一，雷屬性：所謂的雷屬性是忍者的查課拉性質，根據性質的不同可以使用不同的忍術，如佐助在雷屬性的作用下可以使用千鳥，它是雷屬性的查克拉進行形態變化和性質變化的產物（類似於鳴人的螺旋丸手裡劍），具有很強的貫穿力，特別是對土遁忍術非常有效。不過佐助最強的雷屬性忍術不是千鳥和千鳥流，而是集結九大尾獸查克拉的因陀羅之箭。

二，火屬性：火屬性是佐助最基本的查克拉屬性，它是宇智波一族生來就具有的查克拉的屬性，在它的幫助下佐助可以使用豪火球之術等，不過佐助好像對火屬性的查克拉不怎麼青睞，以至於火遁忍術他不怎常用。其實佐助的天照並不是火遁，它是萬花筒寫輪眼的能力之一，只能透過寫輪眼進行釋放和熄滅。

三，後期的佐助在六道仙人的幫助下開啟了輪迴眼，以至於他的查克拉屬性已經不是單純的雷和火。要知道輪迴眼是一種非常特別的眼睛，它起源於十尾（查克拉始祖），具有陰陽，風，火，雷，土，水多種屬性的查克拉，可以使用以上多種屬性的查克拉忍術，不過佐助對這點開發的並不是很好，以至於在和鳴人終結谷之戰中也只是使用了雷和火兩種屬性的查克拉變化。