當過和尚的朱元璋建立大明後，對全國各地的佛教寺廟和和尚，總體來說不是很友好，甚至用律法的形式，
處處限制佛教的發展
。從能夠查到的歷史文獻來看，朱元璋建國後僅親封了3座佛寺，
其中兩座和明教有關
。
天界寺，朱元璋把它當衙門辦公用
天界寺、大報恩寺和靈谷寺，是明朝的南京佛教三大寺院。其中大報恩寺是永樂22年，明成祖賜名的，和朱元璋沒關係。洪武二年，明太祖朱元璋下令
在天界寺開《元史》館
，朱元璋多次到天界寺視察進度。
天界寺
同時，天界寺還是僧錄司的所在地，這是
一個正六品的衙門
，管理天下僧寺。天界寺在朝廷還有另外一個重要職能，那就是在遷都北京之前，
外國國王和使者來朝貢，必須先要在天界寺熟悉朝儀
，然後才能去朝拜大明皇帝。
天界寺作為明朝的一個重要衙門辦公場所，但
一直沒有獲得朱元璋的親封
。
靈谷寺：朱元璋親封的第1座寺院，現存唯一的一座和尚與尼姑同修的寺院
洪武14年，馬皇后病重
，朱元璋急於找地修建皇家陵墓。當年，朱元璋終於親封了第1座寺院，叫靈谷寺。原因很尷尬，朱元璋看上了靈谷寺所在的那塊地的風水，
朱元璋要拆掉靈谷寺，修建皇家的陵墓明孝陵
。
大名鼎鼎的
“明孝陵”，名字來由不是紀念朱元璋，而是紀念馬皇后
，朱元璋對馬皇后感情深厚，馬皇后“以孝治天下”，馬皇后逝世後，
諡“孝慈高皇后”，所以取名“明孝陵”，順便也把朱元璋自己葬在裡面
。
靈谷寺也是現存唯一的一座
和尚與尼姑同修的寺院
，在古代，男女同修在正統佛教是絕對不允許的。但
男女同修一直是明教的傳統
，靈谷寺有可能曾是明教潛伏的一個據點，後來保留了這個習慣。
朱元璋和馬皇后都曾是明教教徒
，選靈谷寺作陵墓，除了風水好，另一個寓意就是：
死後，朱元璋和馬皇后在地下也能男女雙修
。
南京的棲霞寺和雞鳴寺，都比靈谷寺要出名，但也許是出於補償心理，朱元璋把靈谷寺遷到了其他的地方，並且大方了一把，
朱元璋親自賜名“靈谷禪寺”
，並封為“天下第一禪林”。
現在的靈谷公園
不過，後來
朱棣又搞了一個大報恩寺
，靈谷寺在明朝的地位大大降低。朱棣之後，沒有皇帝再去加封或視察靈谷寺。
有意思的是，
蔣介石也看中靈谷寺的風水
，靈谷寺變成了國軍陣亡將士陵墓，靈谷寺又被遷到了附近的
龍神廟
。
皇覺寺：朱元璋遲到的愛
朱元璋在當吳王時，就開始在安徽鳳陽修建明皇陵，明皇陵是朱元璋為了自己的父母和哥哥嫂嫂而修建，整整修了14年才完工。
但朱元璋對已經倒塌的皇覺寺（也叫於皇寺），卻一直不聞不問，一點表示都沒有
。
龍興寺，原朱元璋修行的皇覺寺
直到洪武16年，馬皇后去世後，朱元璋才想起來：應該在家鄉建一座屬於的朱家宗室的皇家寺院，才開始重建皇覺寺，
朱元璋賜名“龍興寺”，不到9個月就完工了
。
朱元璋的後人也不是很信佛，結果
建文年間的一個將軍直接把龍興寺拆掉了
，
拆下的木材用來修戰船
，建文帝也沒有懲罰他，到朱棣時期才重修。皇家寺院龍興寺，在明朝時期因管理不善，多次失火。
慈化禪寺：大明的護國寺
慈化禪寺位於江西宜春袁州慈化鎮，
朱元璋在慈化禪寺建龍亭，親書“天下第一禪林”
，世稱“天下大慈化”，成為大明的護國寺。慈化禪寺也許是最受明朝歷代皇帝待見的一座佛寺。
大多明朝皇帝對慈化禪寺都很重視，這是很少見的事情。例如
朱棣加封
慈化禪寺的
普庵禪師為“至善宏仁、圓通智慧、寂感妙應、
慈濟
真覺、昭貺惠慶、
護國宣教
、大德菩薩”。
明英宗加封
：賜匾額“南泉山
大護國
大慈化禪寺”，
憲宗再次加封
：增賜匾額“
廣慈護國
大慈化禪寺”。
慈化禪寺，規模巨大
萬曆44年，慈化禪寺的高僧
聞秀，揭黃榜，治好了神宗皇后的目疾
。慈化禪寺的聲譽，達到一個頂峰，萬曆皇帝特別為慈化禪寺，建了高
12層的二塔
（牛角塔）和
東西24寮
。
江西慈化禪寺，這麼偏僻，而且是
很年輕的寺院
，到現在也才800多年，朱元璋時期，才200多年，為什麼能成為大明的護國寺？
慈化禪寺和彭瑩玉
在金庸的小說中，彭瑩玉是朱元璋的伯樂和頂頭上司，在梁羽生小說中，彭瑩玉是朱元璋的師傅，也是天下第一高手。真實歷史中，彭瑩玉是南派紅巾軍的開山始祖，他
就來自江西慈化禪寺，但和朱元璋的關係不詳
。
雖然朱元璋沒有親口說和彭瑩玉有密切關係，但
彭瑩玉在朱元璋的老家淮西活動很多年
，可以肯定的是：
朱元璋的岳父和大半將領都聽過彭瑩玉的“課”
。
彭瑩玉後來叛出慈化禪寺，加入明教組織的彌勒教，
宣揚“
彌勒佛下世，改換乾坤
”，“
世界光明大同
”的教義。
憑一己之力，先後培養出多位皇帝，這其中就包括
小說中周芷若的父親、
大夏皇帝
明玉珍和天完皇帝
徐壽輝
。
彭瑩玉是一個專業造反20多年的和尚
，
南方大部分的紅巾軍義軍領袖，都是
彭瑩玉的信徒，彭瑩玉也被稱為彭祖。
當時人口數量超江浙皖閩總和的江西行省
（中國人口最多的行省），原來是陳友諒的地盤，後來轉投勢力較小的朱元璋，彭瑩玉的徒弟和信徒起了關鍵作用。朱元璋一方面或是為了暗中紀念彭瑩玉，更多的考慮是
嚴防明教在江西死灰復燃
。
有意思的是：
600多年後，這裡也成為秋收起義的一個發源地
。不過可惜的是，慈化禪寺後來遭到破壞，一口超級大的鐵鍋
“千人鍋”因大鍊鋼鐵也被融了
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