孔子出生在魯國，他的父親是叔梁紇（ｈé），孔子三歲時叔梁紇去世。

微子啟，是帝乙的長子，商朝紂王的同父異母哥哥。當初，武王征服了商朝，封紂的兒子武庚於朝歌，讓他奉行商朝的祭祀。武王死後，武庚與管叔、蔡叔、霍叔共同謀反，周公輔佐成王東征討伐他們。第二年擒獲了罪人，於是命令微子啟代替武庚為殷的後裔，作《微子之命》申告此事。封微子於宋國，遷徙殷人的子孫到此地，唯有微子先到周朝去做官，被周朝封為賢人。

微子的弟弟仲思，繼承了微子的爵位，因此又稱微仲。仲思生宋公稽，後代雖然爵位變遷，但等級都沒有祖輩高，仍然以舊的爵位稱呼。所以微子和微仲雖然是宋公，但始終都用微子稱號。到了稽即位，才開始稱公。

宋公稽生丁公申，申生緡公共和襄公熙，熙公生弗父何及厲公方祀。從方祀以下，世代為宋國卿。弗父何生宋父周，宋父周生世子勝，世子勝生正考甫，正考甫生孔父嘉。傳到五代以後，分出同族，所以後來有一支以孔作為姓氏的族親。

一說孔父這個名號，是出生時君王所賜的號，所以子孫就以此作為姓氏。孔父生子木金父，金父生罩夷，罩夷生防叔，防叔為了躲避華氏之禍逃亡到魯國。防叔生伯夏，伯夏生叔梁紇。防叔生伯夏，伯夏生叔梁紇。

這樣一路分析下來，孔子的先祖可以追溯到商朝的開國君主商湯了，這樣的身世是不是很曲折？其實也沒有什麼，人類因為戰亂或饑荒搬遷的事情在歷史上很多。

孔子的祖先雖然是商朝王室，但是孔子最推崇周朝制度。孔子說：我解說夏代的禮法，但杞國的文獻不足以驗證。我學習殷朝的禮法，僅僅有宋國保持著它。我學習周代的禮法，現在正實行著它，因此，我遵從周代的禮法。

孔子還說：“夏代的禮儀制度我還能講出來，只是夏的後代杞國沒有留下足夠證明這些的文獻了。殷商的禮儀制度我也能講出來，只是殷商的後代宋國沒有留下足夠證明這些制度的文獻了。如果杞、宋兩國有足夠的文獻，我就能證明這些制度了。”。孔子考察了殷代繼承夏代對禮儀制度所作的增減之後說：“將來即使經過百世，那增減的也是可以預知的，因為一種是重視文采，另一種是重視樸實。周代的禮儀制度是在參照了夏代和殷代的基礎上制定的，多麼豐富多彩呀，我主張用周代的禮儀。”。