皇帝的專制獨裁空前加強，這是明代中、後期皇室的一個顯著特點。

在封建國家中，皇帝有至高無上的權力，在各地方分設官職以掌兵、刑、錢、谷等事，並依靠地主紳士作為全部封建統治的基礎。皇帝是地主階級的總首領，是封建國家的總代表，擁有最高的權力，這是封建社會各個階段的共同點；明代中、後期亦不例外，但這時的封建皇帝，權力極度膨脹，其專制統治，超過前此一切朝代。這突出地表現在內閣制之代替丞相制上。

如前所述，為了解決丞相權力“震主”的問題，明太祖朱元璋自洪武十三年（1380年）罷丞相，“析中書省之政歸六部，以尚書任天下事，侍郎貳之”。並設立殿閣大學士“侍左右，備顧間”，“以翰林、春坊詳看諸司奏啟，兼司平駁”。最初，各種政務，皇帝“自操威柄，學士鮮所參決”。但後來，閣權漸重，特別是首輔權力極大，有“偃然漢、唐宰輔”之稱。

然而，明代中後期的內閣畢竟不同於漢唐的宰相。漢唐的宰相是法定的最高行政長官，擁有法定的權力。而內閣則否，究其職掌，並沒有超出翰林的職責以外，萬曆時劉臺說“閣臣銜列翰林，止備顧問，從容論思而已”，就說明了這一情形。這種“止備顧問”的地位，使內閣權力的大小，要視皇帝信任的程度來決定。內閣的最大權力是“票擬”，而“票擬”是否算數須看皇帝的“批朱”，可見大權仍在皇帝掌握之中（當皇帝倦政、宦官竊權時，大權就在宦官掌握之中）。明人範守己說，他在大學士徐階處見到了嘉靖皇帝的諭札和改定的旨草，發現大學士所票擬者，皆由嘉靖皇帝“一一省覽竄定，有不留數字者”。即使所擬完全符合皇帝的心意，“亦必更易數字”，以表示自己的“明斷”。“有不符意，則駁使再擬。再不符意，則譙讓隨之矣。故閣臣無不惴惴懼者”。由此範守己得出結論：人們“謂輔臣擬旨，幾乎擅國柄，乃大不然”。

由於內閣權力處於皇帝的絕對控制之下，所以明代閣臣大多對皇帝唯唯諾諾。萬曆四十三年（1615年），皇帝召見大學士方德清、吳崇仁，“方惟叩首唯唯，不能措他語。吳則口噤不復出聲。及上怒御史劉光復越次進言，厲聲命拿下，群閹哄聚毆之；事出倉卒，崇仁驚怖，宛轉僵臥，乃至便液並下。上回宮，數隸扶之出，如一土木偶，數日而視聽始復”。吳崇仁的極端膽怯，自屬其尤甚者，但以之說明當時內閣大臣之懾於專制皇帝權威的一般表現，則是具有代表性的。

明代的閣臣中，也有勇於任事、敢言直諫者。但數目很少而且因為不合規定，最後總要受到懲罰。有名的首輔張居正，生前未免被攻擊，死後又被抄家，“詔盡削居正官秩”，“以罪狀示天下，謂當剖棺戮屍而姑免之”，就是一例。

從上述可知，內閣制代替丞相制，是君權對相權的勝利，標誌著封建君主獨裁專制的進一步發展。明代中、後期繼承了明初的這一變革，接續了明初以來皇帝權力極度膨脹的情形。

關於明代中、後期的封建皇帝接續明初以來的情形、權力極度膨脹的表現，還可以從廷杖制度中看出來。“梃杖之刑”，創於明太祖朱元璋，至正統中，“殿陛行杖習為故事”。武宗正德十四年（1519年），因諫止南巡，廷杖舒芬、黃鞏等上百人，有的還被打死。世宗嘉靖三年（1524年），因群臣爭大禮，又廷杖豐熙等上百人，死者十幾人。嘉靖中葉以後刑法益峻，“宣大總督翟鵬、薊州巡撫朱方以撤防早，宣大總督郭宗皋、大同巡撫陳燿以寇入大同，刑部侍郎彭黯、左都御史屠僑、大理卿沈良才以議丁汝夔獄緩，戎政侍郎蔣應奎、左通政唐國相以子弟冒功，皆逮杖之。方、堆斃於杖下，而黯、僑、良才等杖畢，趣治事”。又有六科給事中張思靜等，因正旦朝賀，惹皇帝發怒，“皆朝服予杖，天下莫不駭然”。

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