洪秀全沒料到，事情轉變得那麼快，誅殺楊秀清竟然會引發韋昌輝叛亂，以及石達開出走。

洪秀全知道，再不進行大刀闊斧的改革，自己遲早玩完。於是乎，他大致在五個方面進行了改革：

（1）

重用石達開，並封自己的長兄、次兄為“安王”、“福王”。在出了楊秀清以及韋昌輝那兩件鬧心事後，洪秀全終於明白石達開的重要性，但同時也給他提了個醒——沒有絕對的好人！誰知道石達開後來會不會變？所以，派自己身邊人去監視，總能起到點作用；

（2）

高度集權，取消軍師負責制，自己兼任軍師。

（3）

恢復五軍主將制。當年金田舉旗時，正是這個良好的制度使得太平軍能夠在短時間內取得諸多大捷。但是，在五將之二馮雲山、蕭朝貴死後，五軍實際上變成了楊秀清一人的地盤。這下好了，五軍不復，輝煌也漸散。洪秀全企圖以恢復當年的制度，來挽救現在的敗局。

於是， 他任命金田老將蒙得恩為中軍主將，其餘四位則是後起之秀。

（4）

積極與友軍合作。其實，在19世紀中葉，清朝的地盤上同樣有著一支起義隊伍“捻軍”。不過，二者並沒形成統一戰線，在楊、韋事件後，洪秀全不得不考慮聯合友軍來擴充兵源。

（5）

重用洪仁玕。這位從香港輾轉回京的族弟，接受過多年的基督教教育，洪秀全很是看好他。甚至，他還打破了永不封王的禁令。

事實上，洪秀全的這些做法雖稱不上力挽狂瀾，但確確實實挽救了處於危難之中的太平天國。

僅列舉兩項大捷：

（1）

1858年，江北大營被太平軍攻陷，清軍主將李續賓自殺。

（2）

1860年，江南大營被太平軍打垮。接著，江南提督張國樑、欽差大臣江寧、江蘇巡撫徐有壬等敗亡，就連洋槍隊統帥華爾也被擊斃。

可惜，洪秀全命不好，他遇到了曾國藩（湘軍創始人）與李鴻章（淮軍創始人）。而且清軍此時已經和外國勢力勾結在一起，隨時準備合攻太平軍。從1862年開始，勝利的天平就倒向了清軍。

而在天京陷落前，主要有三個戰場，分別是李鴻章領導的東線戰場、英法介入的浙江戰場，與最後的天京保衛戰。

其實，太平軍在初期佔據很大的優勢。就拿左宗棠入浙的兵力來說，李秀成、李世賢兄弟的兵力為二十餘萬，而清軍只有三四萬。這七八倍的差距，竟沒被太平軍利用起來。原因就是，李氏兄弟和洪秀全不和，以及外國勢力的介入。

倘若太平軍上層能同仇敵愾，想必戰況也不至於此。

到了關頭，也就是天京的東、南、西三面盡失時，李秀成曾勸洪秀全面對現實，放棄天京，遷都以保實力。

然而，這些話在洪秀全眼裡那便是妥妥的不忠。因此，他將一切政務都將給洪仁玕，而不讓李秀成插手。二人不和程度，可見一斑。

1864年6月1日，洪秀全與世長辭，還不到五十一歲。死前，他還說，“我要去天堂領天兵回來支援。”