歷史上的清朝八旗並不是一成不變的，八旗最初的雛形是清太祖努爾哈赤的黑旗軍。之後又發展為紅旗與黑旗，努爾哈赤親掌紅旗，原來的黑旗軍交由其胞弟舒爾哈齊掌管。隨著實力的不斷擴充，努爾哈赤又將紅旗、黑旗等重新編制，分為黃、白、紅、藍四旗。再之後，又在四旗基礎上擴編出鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗。自此，八旗成為定製，正黃旗、鑲黃旗由努爾哈赤親掌、正紅旗、鑲紅旗旗主為代善、正白旗旗主為清太宗皇太極、鑲白旗旗主為杜度（努爾哈赤之孫，嫡長子褚英之子）、正藍旗旗主為莽古爾泰、鑲藍旗旗主為阿敏。

皇太極即位之後，透過權利鬥爭，又對八旗的勢力範圍進行了重新劃分，最終形成了皇太極親掌正黃旗、鑲黃旗，代善父子分掌正紅旗、鑲紅旗，一母同胞的多爾袞兄弟分掌正白旗、鑲白旗，皇太極嫡長子豪格掌正藍旗，阿敏的弟弟、舒爾哈齊的兒子濟爾哈朗掌鑲藍旗的格局。此後，多爾袞掌權、豪格失勢，多爾袞兄弟又瓜分了豪格原本的正藍旗，之後又重新設定了新的正藍旗，並且將自己的正白旗透過置換，納入了上三旗序列。而且，八旗中各旗所轄的牛錄也一直在不斷變動，並不固定。

可見，八旗旗主並不是一成不變的，而是隨著權力鬥爭不停變換著。而且，所謂旗主並不一定完全掌握旗下所有牛錄，部分地位相對低一些的入八分宗室王公也會擁有少量牛錄，這部分人又被稱為小旗主，其地位低於大旗主，但對於自身擁有的牛錄依然有很大的自主權。清王朝入主中原之後，尤其是清世祖（順治帝）掌權之後，為了避免各旗旗主做大，刻意分化、削弱下五旗各旗，規定入八分宗室王公在獲得封爵的同時，會被劃撥給下五旗多少不等的牛錄，稱為旗份。此後，下五旗被不斷分化、稀釋，出現了越來越多的所謂大小旗主，已然無法出現入關前一家獨大的局面。

換句話說，只要擁有旗份，就有資格被稱為旗主。那麼，誰可以擁有旗份？前面已經說了，入八分宗室王公。何為入八分宗室王公？即和碩親王至奉恩輔國公。這些人可以享受朱輪、紫韁、背壺、紫墊、寶石、雙眼、皮條、太監八項禮儀性待遇，故而又稱入八分宗室王公，也只有這些人才有資格分得旗份。不入八分鎮國公及以下宗室，只擁有封爵，沒有資格分得旗份。按清制，不入八分輔國公及以上者，皆為超品，即凌駕於正一品之上。由此可見，無論是大旗主還是小旗主，其地位皆在正一品之上。

同時，因為八旗制度保留了濃厚的奴隸制殘餘，各牛錄編制下人員，對於擁有本牛錄的大小旗主，名義上依舊保留了主奴關係。打個比方，某位大學士兼軍機大臣所在的牛錄是某位入八分輔國公擁有的旗份。那麼，名義上那位大學士兼軍機大臣就必須認這位入八分輔國公為主子，哪怕這位入八分輔國公沒有任何行政職務，僅僅在家抱孩子養老。從這個角度而言，大小旗主的地位就更加是高得沒品了，連“宰相”都得叫主子，不是嗎？

至於上三旗的旗主，那就更是沒什麼可說的了。上三旗歸皇帝親掌，皇帝就是上三旗的旗主。試問，還有誰能夠大得過皇帝？在這裡糾正一個誤區，很多人認為皇子理所當然隸屬皇帝親掌的上三旗，其實不然。皇子們封爵時獲得的旗份仍然屬於下五旗，換句話說，清朝的皇子及其後代應當是隸屬下五旗。如果哪位皇子的後代在上三旗，多半是努爾哈赤、皇太極某位皇子的後代，因為彼時制度並不嚴格，有部分皇子後裔留在了上三旗內。