明玉珍在重慶稱帝后，任命謀臣劉楨為宗伯，採取一系列措施，休養生息，用心經營。

仿行周朝的制度，設立六卿，把蜀地分為八道，分別是：上川西道、 下川西道、 上川北道、 下川北道、 上川東道、下川東道、 上川南道、 下川南道，並重新設定府州縣官名。

明玉珍雖然並不謀求爭奪天下，但是崇尚節儉，十分好學，而且禮賢下士。即位後，明玉珍下令設立國子監，讓公卿子弟在裡面上學，設立提舉司教授，建社稷宗廟，尋求雅樂，開設進士科舉，輕徭薄賦，制定十分取一的賦稅制度，“農家無力役之徵”（明朝黃標《平夏錄》），當地百姓安居樂業。

登基後的第二年，明玉珍派十一萬軍隊，兵分三路，進軍雲南，萬勝從界首出發，鄒興從建昌出發，指揮李某從八番出發。

其他兩路都沒有到達目的地，只有萬勝率軍深入，佔領元朝雲南行省治所中慶路（今雲南昆明），元梁王倉皇逃往金馬山。

元至正二十四年（公元1364年），元梁王搬來救兵，大理段式率軍襲擊萬勝，萬勝孤軍深入，後援不繼，只得帶兵退回。

後來，明玉珍把六卿改為更符合當時情況的中書省樞密院，改封冢宰戴壽、司馬萬勝為左、右丞相，司寇向大亨、司空張文炳知樞密院事，鎮守成都司徒鄒興、鎮守保寧的吳友仁，鎮守夔關的司寇莫仁壽都被封為平章政事。

元至正二十五年（公元1365年）八月，明玉珍派遣參政江儼與朱元璋通好。

明玉珍對陳友諒的弒主奪位十分不滿而與他斷絕往來，而陳友諒也曾是朱元璋最強勁的對手，此時陳友諒的勢力已被朱元璋消滅，朱元璋和明玉珍的地盤已經相鄰。

當時朱元璋正準備攻打張士誠，積極響應明玉珍的友好之舉，派都事孫養浩帶著書信回訪。在信中，朱元璋對明玉珍說：你位處西蜀，我位處江左，猶如漢末的孫權、劉備。近來王保保率領鐵騎勁旅，佔據中原，他的志向可能不在曹操之下，倘若他有許攸、荀彧那樣的謀臣相助，有張遼、張郃那樣的猛將輔佐，我們兩人還能高枕無憂嗎？我們唇齒相依，願借鑑孫劉相爭的歷史教訓，與足下友好相處。

從此，朱元璋與明玉珍書信往來不斷，保持著良好的關係。

元至正二十六年（公元1366年）春天，明玉珍病重，把戴壽等大臣叫到身邊，囑咐眾臣：西蜀地勢險固，如果大家同心協力，輔佐太子，尚可自保。不然的話，不知將來會發生什麼樣的事。

明玉珍自知不是朱元璋等人的對手，而且太子年幼，因此反覆囑咐大臣只圖自守，不去挑釁相鄰的勢力。

不久，明玉珍病逝，諡號欽文昭武皇帝，廟號太祖，葬於睿陵。

明玉珍去世後，年僅十歲的太子明升繼位為帝，因為幼主無法獨立理政，太后彭氏垂簾聽政，掌握實權。從此，夏政權與朱元璋的關係也悄然發生著變化。