清代懲戒佐雜官員的手段系統而全面，種類多樣。從嚴飭到罰俸、笞杖、降革、死刑等因輕重不一。如按懲處的手段性質，和負責懲戒的部門不同，基本上可將懲戒分為行政處罰，和刑事制裁兩個基本門類。罰俸即扣發官員俸祿，但並不扣除其養廉銀，以罰俸時長不同分為七個等級。

罰俸一月、罰俸二月、罰俸三月、罰俸六月、罰俸九月，罰俸一年，罰俸兩年。例如凡徒犯到配發驛官收管“倘該驛官將徒犯私自役使”將驛官罰俸九個月。乾隆三年議準，各省文職縣丞、主簿、巡檢、典史等微員離任之時，窮苦而沒有路費回籍，除犯貪劣重款外，可以在公費之中給予路費。

但是，自縣丞以下各該員倘有力捏成無力，冒領事發，除將冒領銀兩著落結報不實之員賠補外，仍罰俸一年。降級分為降級留任和降級呼叫兩種。降級留任指以現在級數開始遞降，但是仍留本任並且按照降後之級領取俸祿。革職也分兩種，革職留任和革職。

革職的處罰較降調為重：革職之等，在降三級呼叫之上。革職留任在降三級留任之上。有一種革職情況較為特殊，即其罪行並不構成革職，僅僅是要降若干級呼叫。但是當降調而級不夠時，則議革職。最重的行政處罰是革職之後，命令永不敘用。

但是佐雜官員品佚低微，很多甚至是未入流，因而佐雜官員的降調處分，往往都成為實際上的革職處分。例如：鹽場大使，失察龜丁透私，如能立時自行拿貨者免議。或自行查出，未經拿貨額，詳報通緝者，革職留任。官員勒令休致和革職較為相似，即免去其官職。