即位後，孝宗立即對太監梁芳、禮部右侍郎李孜省等前朝奸臣給予了嚴厲的懲罰。兩個月後，孝宗又下令將那些冒領官俸，總計有3000人之多的藝人、僧徒一概除名。接下來，孝宗以各種方式處罰了另外一些奸佞之徒。在清理過程中，孝宗注意方式方法，沒有大開殺戒。被砍掉腦袋的，只是一個罪大惡極的繼曉。罷斥完奸佞後，自然任用的就是賢能之人。為了熟悉官吏的情況，孝宗曾下令吏、兵兩部把官吏姓名全部抄錄下來，貼在牆壁上，遇有遷罷的人，隨時更改。

由於孝宗

注意任用賢能

，形成了“朝多君子”的盛況，出了許多名臣。孝宗還善於納諫，在他上臺不久，朝中就形成了大臣紛紛上書的生動局面。孝宗還採納了除早朝之外，再在便殿召見大臣，謀議政事，當面閱其奏章，下發指令的意見，開始增加“午朝”，每天在左順門接見大臣，傾聽他們對政事的見解，做出了許多重大決策。

在孝宗統治的整個時代，其實行的一系列富國強民的措施都自始至終地得以貫徹執行，這是因為孝宗時代有一批對朝廷忠心耿耿的大臣，為他的勵精圖治立下了汗馬功勞，其中有孝宗最信任的王恕、極為賞識的馬文升，等等。孝宗和這些內閣大臣的關係極為融洽，對他們講的話也是言聽計從，每每稱善，這種情形在君臣之間，確實少見。孝宗還減免災區的賦稅徵收，從公元1490年河南因災免秋糧開始，孝宗對每年奏報上來的因災免賦要求，基本上都同意。孝宗還令劉大夏於公元1492年夏坐鎮山東陽穀，負責整治黃河以及江南的水患，劉大夏曆時兩年，完成了多項水利工程，終於治服了水害。