處於免疫啟用期的兒童慢性乙型肝炎患者必須抗病毒治療已經達成共識。目前可用於兒童抗乙肝病毒治療的藥物有普通干擾素、長效干擾素和部分核苷類似物（一般選擇恩替卡韋或替諾福韋，其中年齡未滿12歲，體重不到35公斤，不建議使用替諾福韋）。

干擾素具有抗病毒、抗增殖和免疫調節作用且療程有限，不會引起耐藥變異等特點，因此兒童患者首先推薦用干擾素治療。約有1/3的兒童慢性乙型肝炎單用干擾素能達到免疫控制，甚至可以達到功能性治癒的理想目標，但還有一些患者達不到滿意的治療目標，這些患者加用核苷類似物和延長療程，也能達到更好的效果。

兒童慢性乙型肝炎發病時間相對較短，如果能抓住適宜的治療時機，採取合理的治療方案，能達到免疫控制甚至功能性治癒的理想目標。在臨床中，評估兒童慢性乙型肝炎抗病毒效果的主要預測因素有高水平谷丙轉氨酶（ALT）、低載量HBV DNA及較小年齡。治療24周如果表面抗原快速下降，則預示療效較好。如果符合優勢條件的兒童患者，建議首選干擾素治療，如果治療半年後沒有明顯應答，可以果斷聯合核苷類似物繼續治療，爭取儘快實現HBeAg的血清轉換，後期再根據表面抗原下降的程度，決定是否延長聯合治療的療程，爭取實現功能性治癒的可能。

此外，兒童慢性乙型肝炎抗病毒治療中，一定要根據患者的病情，對治療的耐受性，抗病毒療效及時調整治療方案，必要時採取聯合治療，延長療程，唯有這樣的個體化治療才能保證每位患者獲得最好的療效。