慘案發生在清朝入關之後，清軍在嘉定曾經三次屠城，數百萬黎民百姓慘遭殺害，為清朝統治中原幾百年中最殘酷之慘案。

順治二年閏六月二十四日開始，各地相繼發生騷亂，地方官和民眾紛紛揭竿而起。嘉定總兵官吳志葵響應，逐走清政府派來的縣令，佔據嘉定城。投降清朝的原明朝將領李成棟聞訊，開始進行鎮壓。七月初三日，李成棟集結能夠動用的清軍，向嘉定城發起攻擊。起初以猛烈的炮火轟擊城牆，後來蜂擁攻城，清軍頭頂木板或門窗，直衝城下，準備掘毀城牆。

戰鬥持續至傍晚時分，天空下起了大雨，傾瀉如注，狂風驟起，雨水很快灌滿了嘉定城下的護城河。這雖然阻礙了清軍的攻勢，但已經被炮火損壞的城牆也危在旦夕。果然，有一處城角在大雨的沖刷下坍塌，於是守城的嘉定人用巨木支撐，堵塞缺口。當時風雨大作，城上不能點燈照明，城下也是漆黑一片。清軍利用這個機會，潛伏在城下，準備將城牆刨開幾個洞，因為有暴雨和狂風的掩飾，城上根本聽不到城下的動靜，也看不到人影的晃動。結果，清軍在城下順利地刨開幾個洞，將火炮安置在其中，準備炸城。

大雨下了一夜，到第二天拂曉時分依然沒有停歇的跡象。天剛亮，李成棟便命令將已經在城洞中埋好的炸藥點燃，頓時發出驚天動地的轟鳴。隨著巨響，城牆轟然倒塌，土石四處飛揚，出現了幾個巨大的豁口。李成棟迅速發令，命令早已準備好的騎兵發起衝鋒幾股騎兵頂著大雨，如離弦之箭衝入城內。嘉定城中守民已經失去了最後的防線。

清軍以騎兵開路，步兵跟進。在激戰之後，全城指揮侯峒曾投水自盡，舉人張錫眉等抗清守城的組織者也都自殺身亡。李成棟不解恨，將侯峒曾屍體找到後，又斬其首。另兩位守城的指揮黃淳耀、黃淵耀也死得從容而悲壯。城破時，黃淳耀正在城內一個寺廟中，黃淵耀趕到寺中告知其兄清軍已經入城，兩人平靜地整理了袍服和儒冠，一同自縊於寺中。死前，黃淳耀還在牆壁上題寫了一段文字：“嗚呼！進不能宣力王朝，退不能潔身自隱；讀書寡益，學道無成！耿耿不昧，此心而已。異日虜氣復靖，中華士庶再見天日，論其世者，尚知予心。”

南門守將張錫眉得知城破後，偕妾投水而死。臨死前寫絕命詩一首：“我生不辰，僑居茲裡。路遠宗親，邈隔同氣。與城存亡，死亦為義。後之君子，不我遐棄。”守城將領龔用圓、龔用廣則擁抱痛哭“我祖父清白自矢，已歷三世。今日苟且圖存，何面目見祖宗於地下？”說罷雙雙自溺而死。還有一些仁人志士不肯投降，或一人自殺，或全家就義。

本來清軍攻佔嘉定時，嘉定曾像南京等地一樣“結綵於路，出城迎之”，大小官員百姓無不出城跪迎。嘉定總兵官吳志葵及一干民眾響應起義並非為了反清復明之大義，也未做擁兵自立，稱王道帝之私念。為什麼全城官兵百姓會如此慘烈的拼死一戰呢？

南明弘光政權滅亡後不久，統帥清軍南下的像親王多鐸釋出通告，要求江南各地軍民士紳人等一律剃髮，引起了江南各地民眾的強烈反抗。剃髮對當時的漢人而言，心理上是難以承受的，“身體髮膚受之父母，不可損傷”，這是千年以來的倫理觀，也是一種根深蒂固的思維方式。剃髮不僅有違傳統，也是一種侮辱。因此，這項政策不僅遭到了傳統知識分子的抵制，也激怒了下層民眾。最終導致了這場民眾自發的起義。

李成棟所帶清軍部眾攻佔嘉定，自以為叛亂已平息，不久後撤出嘉定城。可四散逃亡的民眾又再度聚集，一位名叫朱瑛的反清義士率50人進城，糾集民眾，又一次控制了嘉定。李成棟又遣部將徐元吉鎮壓。清軍到處搜尋，不問緣由，見人就殺。三天後，自西關至葛隆鎮，浮屍滿河，慘不忍睹。

後來，嘉定綠營把總吳之藩反清，不久被鎮壓，結果嘉定再遭浩劫。

自六月初至八月，嘉定人民自發起義抗清，先後有10餘萬人，而被殺害的人約有5萬之眾，史稱“嘉定三屠”。