嘉靖四十五年，海瑞抬棺上書《治安疏》，名震天下，讓天下人認識了“海剛峰”的名號。海瑞因為上書被下獄後，以徐階、高拱、張居正為首的清流勢力，對海瑞展開了營救，透過多種手段，確保海瑞不被嘉靖處死。

同年，嘉靖皇帝駕崩，徐階和張居正負責擬定遺詔，在遺詔中增加大赦的旨意，赦免了曾經得罪嘉靖皇帝的人，很多人被從牢獄中釋放出來，其中就包括海瑞。

海瑞被釋放出獄後，官復原職，仍舊出任戶部主事。此後在徐階當政期間，海瑞官運亨通，不到三年，就從六品主事，升任正四品右僉都御史，巡撫應天，成為實權人物。

隆慶三年，徐階被罷官後，海瑞的仕途也就走到了頭，出任應天巡撫半年左右，被改任閒職。海瑞在上任新職務的途中，又被重新起用，執掌權力的高拱排擠進南京戶部，之後海瑞因病隱退，回了海南養老。

萬曆元年，高拱因與李太后、司禮監馮保爭鬥，被張居正聯合後宮，勒令致仕。從此張居正執掌國政，在張居正執政的十年間，不少人向張居正推薦海瑞，據說海瑞也曾寫信向張太嶽求官，但是張相公卻堅持不用海瑞。

政治主張不同，任用海瑞徒增煩惱

張居正主持的萬曆新政，就其實質而言，是一次農業經濟向商業經濟過度的，地主階層內部的改革。雖然說張居正改革政策有很多，但其還是以“一條鞭法”為核心的稅制改革，以“考成法”來強化改革的推進。同時將商業稅納入國家的稅收體制中，著力於解決明朝從立國之初就面臨的畸形的嚴峻的財政問題。

所以說張居正的核心主張是改革、推進社會發展程序，“一條鞭法”的重要基礎是高度發達的商業活動，否則就會產生嚴重破壞農業生產。試想一下，沒有商業流通，市場沒有大量的貨幣，農民怎麼把生產的糧食等產物換成貨幣進行完稅呢。

如果農民堆積農產品無法交換，會不會產生穀賤傷農的惡性迴圈，所以張居正的改革基礎是明朝中後期已經高度發達的海內外貿易活動，市場的流通空前繁榮。而不僅僅是基於農業生產的賦稅增加，甚至於萬曆新政雖然嚴格進行田畝清丈，但是其對於土地兼併卻並沒有太過嚴厲的禁止，田畝清丈更多的目的在於嚴查隱匿，增加課稅土地。

而海瑞的政治主張卻是復古，他與張居正的改革是南轅北轍，從張居正死後，海瑞被起復為南京吏部右侍郎，給萬曆皇帝的上書中，

列舉明太祖朱元璋刑法，剝人皮裝上草製成皮囊，以及定律枉法達八十貫判處絞刑的規定，說應當用這樣的方法懲治貪汙。

他主張嚴格按照《大明律》將田產分於平民，整治百官，嚴查貪汙腐敗，甚至高舉太祖祖訓，要求按照洪武年間的規矩辦事。

這樣的兩個方向，基本上政治主張上有不可調和的矛盾，雖然海瑞在應天也推行過一段時間的“一條鞭法”，但是小範圍的推廣和全國的整體佈局是有很大差別的。而且張居正還有更加深遠的改革目的，是不容許有其他意見一直在朝中非議的。

海瑞的世界，別人都不太懂

從嘉靖四十五年，海瑞被官復原職後，到隆慶三年，海瑞做了幾件很讓人看不懂的事情。有些事情讓人覺得他想投靠徐階，但是最後卻把徐階一派得罪得死死的。

第一件事，在隆慶元年，內閣首輔和內閣大學士高拱的矛盾逐漸公開化，此時還是六品官員的海瑞，卻旗幟鮮明地站在徐階一方，多次上書明的暗地攻擊高拱。在御史齊康彈劾徐階時，海瑞還上書抨擊齊康是高拱的走狗，受高拱指使彈劾徐階，比高拱還壞。這真是明明白白地打高拱的臉啊，這是急於報答徐階的保護恩情了，但是雙方的這場罵戰，真不是他應該參與的。

第二件事，徐階罷官回家後，海瑞因為徐家佔據多達二十萬畝土地，徐家子弟為非作歹，橫行鄉里，揪著徐家不放，堅持秉公辦理。最後搞得此事人盡皆知，徐階顏面盡失，落了個晚節不保。相傳，最後徐階花費三萬兩黃金，賄賂給事中戴鳳翔，最後透過張居正罷免了海瑞。徐階賄賂的事情，大致是杜撰的，因為隆慶三年，執掌吏部的應該是高拱，那麼海瑞還有好果子吃嗎，根本就不用徐階費盡心思花錢辦事。

從這兩件事，能看出來，海瑞雖然剛直不阿，但是辦事卻很難把控，按說徐階把他提拔到應天巡撫的位置上，好歹念點恩情，不要搞得太沒面子了。但是海剛峰卻是不拘這些小節，一律照章辦事，海瑞是把雙刃劍，張居正也怕那天不小心劃傷了手，所以堅決不用他。

對待貪汙的態度，觀念差距較大

其實明朝到了嘉靖、萬曆年間，官員貪汙腐敗，已經是極為常見的事情了，而且官員生活也極為奢侈。高拱和張居正已經算是比較清廉的了，但是個人生活還是比較奢侈的，張居正甚至有二十四人抬的轎子，高拱也是廣納妻妾。

這些在高舉《大明律》和《皇明祖訓》的海瑞面前，都是彈劾攻擊的內容，站在道德制高點的好人可以譴責他們，他們卻拿海瑞沒啥辦法。高拱和張居正的改革，其實對下級官吏都是有一定限度的貪汙容忍的，比如張居正的“火耗銀”，高拱的提升邊軍將領待遇等。這些難免要被海瑞說三道四，不用他省的麻煩。