1399
年是建文皇帝朱允炆即位的頭一年，雖然從爺爺朱元璋的手中接過了皇帝權杖，但是朱元璋生前大封諸王的舉措，對這位年輕的皇帝產生了巨大威脅。當時，以秦王、晉王、燕王等幾個北方藩王的勢力最大，朱允炆在萬般無奈下，開始著手削藩，結果發生了一場持續
3
年的內部戰爭。
1399
年
7
月
7
日，燕王朱棣在北平誓師，打著“奉天靖難、清除君側”的旗號，公然反叛朝廷，而此時距離朱元璋去世，僅僅過去了
15
個月。朱棣主張的“君側”，指的就是齊泰、黃子澄等主張削藩的大臣，當然這只是一個藉口，歷史上類似的事情發生過太多，所有人心裡都清楚，朱棣的目標只有一個，那就是奪取皇位。
其實從整體實力上來看，朱棣雖然在北方勢力龐大，但畢竟只是一個藩王，無論是兵馬人數還是政治地位、經濟實力，都不可能與朱允炆相抗衡。因此，戰爭剛剛開始的時候，朱棣並沒有南下，而是依託北平城，對周邊地區進行了一系列的攻堅戰，基本消滅了朱允炆部署在北平地區的兵力。
朱允炆即位的時候，只是一個
20
歲左右的小夥子，正是年輕氣盛的時候，他明白自己具備絕對優勢，就想速戰速決，儘快解決掉朱棣軍團。於是，
1399
年
7
月
24
日，朱允炆任命耿炳文為大將軍，率軍
30
萬進軍真定，徐凱、潘忠、楊松分別率軍扼守其他要道，朝廷總兵力超過
40
萬。
不過，朱元璋在世時，曾經對開國功臣進行了多次大規模清洗，耿炳文因為地位和實力構不成威脅，因此逃過一劫，但是和藍玉、馮勝等猛將相比，他的軍事素養差了一大截，更別提其他朱允炆派出的將領。當朝廷大軍還沒有站穩腳跟的時候，朱棣發動了一場夜襲，楊松所部
9000
人來不及抵抗，最終全軍覆沒。
10
天之後，朱棣率軍直撲真定，耿炳文所部遭遇大敗，
3
萬多人被斬首，不得不退入城中堅守不出，燕軍圍城難以攻克，於是撤兵北還。此時，朱允炆認為耿炳文指揮作戰不利，隨即免去了他的大將軍職務，委任李景隆為新任主帥，率軍
50
萬進駐河間地區，並命令吳高率軍圍攻北方重鎮水平。
朱棣聽說後，只留下少量人馬防守北平，親自率領大軍救援水平，吳高竟然不戰而逃，燕軍得以連續攻克多座北方重鎮。就在朱棣在外作戰的時候，李景隆趁機率軍圍攻北平，本以為能夠一舉端掉燕軍大本營，沒想到城內守軍拼死抵抗，李景隆圍城多日毫無進展，最終在回軍的朱棣所部和北平守軍內外夾擊下遭遇慘敗，傷亡十多萬人。
李景隆率軍退守德州後，經過半年休整，於
1400
年
4
月
1
日再次北伐，總兵力達到
60
萬，而迎戰他的朱棣手中只有
10
萬人馬。讓人沒想到的是，兩軍交戰後不久，李景隆所部迅速被擊潰，燕軍乘勢攻克德州，進而圍困濟南，不過遭到了頑強抵抗。在前線久攻不下，後方兵力空虛的情況下，朱棣被迫率軍北還。
當年
9
月，朱允炆再次臨陣換帥，以盛庸取代李景隆出任大將軍。此後的大半年時間裡，雙方進行了多次交戰，兩軍互有勝負，損失都不在少數。
1401
年
7
月，盛庸派兵圍攻北平，朱棣及時回援解除困境。但是經過此戰，朱棣意識到，朱允炆畢竟代表朝廷，兵力眾多、實力雄厚，如果一直這樣僵持下去，燕軍肯定扛不住，於是決定兵行險著，直撲京師應天。
1402
年正月，朱棣率大軍南下，繞過防守堅固的濟南城，一路打到安徽境內，和明軍進行了一場大會戰，兵力損失極為慘重，軍心嚴重動搖。就在這樣一個關鍵時刻，朱允炆擔心京師守衛空虛，突然下詔召回徐輝祖所部，前線明軍力量迅速減少，嚴峻乘機發動反攻，最終消滅了兩淮地區的所有明軍主力。
當年
5
月，朱棣率軍突破淮河防線，直奔江北地區，並於
6
月
3
日突破長江防線，進駐鎮江、龍潭，應天府失守只是時間問題。朱允炆急忙派遣使者求和，並承諾割讓土地，朱棣不同意，燕軍隨即進抵南京金川門，李景隆開城投降，朱允炆在宮中點火自焚，但是下落不明，究竟是生是死，直到今天仍然沒有定論。
