由於朝鮮使者通報，努爾哈赤還要進攻遼陽、廣寧，直抵山海關門。而令明朝統治者忐忑不安的也莫過於“此虜深入之念，時刻不忘”。因此，神經最感緊張的當然是遼東地方當局。為了添補空缺，起用廢將李如柏為鎮守遼東總兵官；又徵調廢將杜松屯山海關。

在一片惶惶不安的氣氛中，明朝決定設立山海關鎮。“時奴酋犯順，議者謂宜簡大帥據關扼險，乃割薊鎮東協四路屬山海關為一鎮。”該鎮以6000兵，分左右二營，與薊鎮劃地分管。朝廷還頒出賞格：有能擒斬努爾哈赤者賞銀一萬兩，仍予世職；擒斬其餘八大總管、十二親伯叔弟侄及有名頭目等，都從厚從優升賞；被虜如李永芳等，投虜如佟養性等，若能俘獻努爾哈赤，俱得免死。好在此前不久剛與蒙古林丹汗建立了互市關係，對於在後金突如其來的進攻下顯得焦頭爛額的明朝而言，遼東地區總算可以免除兩線作戰的後顧之憂，全力對付努爾哈赤了。

一面是著手防禦後金的進犯，一面則是準備“大張天討”。明神宗在得知撫順失陷的當天就說“其大舉征剿事，還著九卿科道會議”。二十天後，明神宗在聽取遼東的危機情報和文武大臣們提出的各種戰略策略陳述以後，進一步對兵部申明瞭一定要大舉討伐努爾哈赤的必要性。他說：“遼左失陷城堡，隕將喪師，損威殊甚？？旦夕經略出關，援兵四集，即合謀大彰撻伐，以振國威！”

接下來的兩個月，以往萬機不理的朱翊鈞算是勤奮了一把。既要調兵遣將，又要籌措軍餉，忙得焦頭爛額。不久就舊病發作，頭暈目眩，不時腹瀉，身體發軟。但對於遼事，卻不敢稍有懈怠。病中還叮囑內閣首輔方從哲傳諭兵部，立即行文差人，向總督、經略、總兵傳達他的旨意：選擇精壯軍兵，整頓人馬器械，各陳方略，相機征剿。務期殄滅，以除邊患。唯獨對於討要內帑做軍餉一事，戶部請撥50萬兩白銀，明神宗最後只是勉強給了10萬應付了事。其實內庫有的是錢，邊關將士因餉銀短缺忍飢挨餓的同時，皇室成員“冊立冠婚典禮錢糧共二百五十五萬七千二百四十七兩”。後來萬曆帝的兒子朱常洛一即位就能發出內帑銀子200萬兩解赴遼東及九邊，以應急需。足見神宗陛下只是財迷心竅，而不是兜裡沒錢。