在我們的人體內有數不清的菌群和菌種，有些會隨著新陳代謝被排出體外，有些則一直蟄伏在你的體內。這些細菌一些起著必不可少的作用，一部分可以幫助我們消化食物，維持人體內平衡運轉；另外一些中性菌的偶爾變異可能會讓我們生病。

我們會認為細菌很討厭是因為有害菌會引起人們生病，甚至誘使中性菌變異。但事實上內臟生物群（包括細菌和真菌），它們對人類的免疫系統起著重要作用，甚至在幫助人體分解碳水化合物。

在人體所有生物群中，有些細菌對人體有益，有些卻對我們有害。其中在我們腸道里發現的一種最常見的細菌是脆弱擬桿菌，它們能幫助人體產生維生素K，並與致病細菌做鬥爭，保護我們。但是當它遇到大腸桿菌時，會突然與後者聯起手來，開始攻擊人體，引起感染。

人體裡還含有其他的細菌，比較有名的包括葡萄狀球菌、齦卟啉單胞菌、痤瘡丙酸桿菌、馬拉色菌、大腸桿菌、大腸桿菌等、幽門螺桿菌等等

我們整個人體就是一個行走著的生態系統，即使我們對外已經探索到外太空，銀河系；但是人們對內的研究僅僅停留在細胞層面。

噬菌體的發現讓人們發現了一條新的改善人體內環境的道路，噬菌體（bacteriophage， phage）是感染細菌、真菌、藻類、放線菌或螺旋體等微生物的病毒的總稱，因部分能引起宿主菌的裂解，故稱為噬菌體。作為病毒的一種，噬菌體具有病毒的一些特性，可視為一種“捕食”細菌的生物。

噬菌體療法在人類疾病治療中的應用最早可以追溯到1921年，兩位科學家率先用噬菌體制劑治療葡萄球菌引起的面板感染，此後噬菌體廣泛應用於耳喉科、口腔科、眼科、面板科、兒科及肺部疾病等的治療。

但是隨著抗生素的出現，噬菌體療法被漸漸忽視。事實上噬菌體療法治療或預防人類疾病具有極大的潛力，透過實踐和試驗等方法最終使噬菌體療法商業化是避免此療法被忽視的關鍵。

在美國亞瑟安德魯醫學公司的研究中，將噬菌體針對腸道的有害菌製作了一款高效噬菌體制劑，讓腸道有害菌的天敵噬菌體來殺死這些有害菌，就可以為腸道里的有益菌創造良好的生活環境。