胃腸道是數萬億微生物的家園，統稱為腸道微生物群。

以前人們認為，胃腸道中的微生物細胞大約有10倍於人體細胞，但最近的估計是接近一比一的比例，天平只是稍微向微生物傾斜：

換句話說，看起來我們的微生物比人體細胞略多一些。腸道微生物群主要由兩個主要的細菌群體主導：類桿菌和韌皮菌。還有數量少得多的變形桿菌、疣鼻桿菌、放線菌和鐮刀菌。細菌的數量和型別可能因人而異，但對於什麼是 “健康 ”的微生物群已經有明確的共識。

微生物在整個胃腸道內都有，但大多數都在大腸或結腸內。

由於我們每天吃的和喝的都要經過胃腸道——我們的飲食會影響我們的腸道微生物組。這並不奇怪，例如，吃高纖維飲食的人往往有較高的普雷沃特菌水平。而那些飲食中蛋白質和脂肪含量較高的人有更多的細菌，這兩種細菌都是類桿菌類的成員。

事實上，研究表明，即使是堅持進行一整天的嚴格的動物性飲食或植物性飲食，可以改變微生物組的組成，但我們通常會恢復到我們的常規微生物組——只要我們的飲食恢復正常。

飲食中能夠獨特地影響微生物組的兩個部分是益生菌和益生元。

益生菌是提供健康益處的活的微生物——例如，幫助增強或恢復我們腸道微生物組的健康。許多自然生活在我們體內的微生物都在益生菌食品、飲料和膳食補充劑中發現。

益生菌在發酵乳製品如酸奶和酸乳酪以及泡菜和酸菜等食物中也有發現，但並不是所有型別的發酵食品都一定是這樣，並非所有型別的發酵食品都有資格成為 “益生菌”。要

讓一種

食品或飲料被認為是 “益生菌”，必須有足夠的活細菌。在食品加工過程中存活下來，以便它們在食品或飲料中存在，並且這些存活下來的細菌必須是那些已知的有益於人類健康的細菌——基於研究證實過的才行。

兩組被研究得很好的細菌是乳酸桿菌，它屬於韌皮類；和雙歧桿菌，屬於放線菌的一種。這兩種細菌通常都存在於含有益生菌的食品中。益生菌也存在於膳食補充劑中，並被新增到其他食品和飲料中。如麥片、蛋白質奶昔和果汁。

益生元是宿主微生物使用的食物成分，它們提供了一個健康的環境。許多益生元存在於高纖維食物中，它們不會被人類的消化系統所分解，並能進入大腸，在那裡被腸道細菌發酵。所以基本上，益生元是我們腸道微生物的食物。蔬菜、水果、全穀物和豆類，如豌豆和豆子，自然產生的益生菌纖維的最佳來源。一些包裝食品中的成分，如菊粉和低聚糖，也被列為益生菌。

一般來說，大多數人都沒有吃足夠的纖維。美國人平均每天吃大約16克的纖維，而建議是每天吃25~38克的纖維。現在，當腸道微生物代謝益生菌時，有些會產生短鏈脂肪酸，如丁酸鹽、乙酸鹽和丙酸鹽。在胃腸道中，這些短鏈脂肪酸滋養著胃腸道的細胞，並與減少某些型別的癌症的風險有關，如結腸直腸癌，增強鈣的吸收，以及緩解便秘和腹瀉。短鏈脂肪酸還能進入血液並進入其他器官，在那裡它們可以作為訊號與大腦溝通，以及調節免疫系統和炎症。

以植物為基礎的飲食或高纖維飲食促進了具有更高能力的細菌的存在定殖。發酵益生菌纖維，從而增加短鏈脂肪酸的產生，這可能有助於對我們的健康產生全面的好處。

對食品和膳食補充劑中的益生菌效果的研究正在進行，而我們也在不斷地瞭解它們對健康的影響。